More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3968 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
514 aa  1003    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1422  RNA-binding S1 domain-containing protein  73.27 
 
 
503 aa  596  1e-169  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.324209  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1193  RNA binding S1 domain protein  57.76 
 
 
500 aa  392  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000667111  hitchhiker  0.00401101 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3095  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.29 
 
 
501 aa  337  2.9999999999999997e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000127417  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  34.54 
 
 
598 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  37.88 
 
 
539 aa  169  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  37.89 
 
 
504 aa  156  9e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  38.13 
 
 
399 aa  152  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
587 aa  150  5e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.4 
 
 
661 aa  146  9e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.85 
 
 
720 aa  146  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 
574 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 
584 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  35 
 
 
577 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  35.69 
 
 
566 aa  144  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  34.56 
 
 
609 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  34.44 
 
 
573 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  34.41 
 
 
396 aa  144  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  34.91 
 
 
678 aa  143  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
555 aa  143  6e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
551 aa  144  6e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
557 aa  143  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  34.53 
 
 
592 aa  143  9e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  35.23 
 
 
504 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
584 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
619 aa  141  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
589 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  34.94 
 
 
597 aa  142  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  34.55 
 
 
604 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
584 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  35.58 
 
 
566 aa  141  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
553 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  36.33 
 
 
416 aa  140  4.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 
577 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  34.07 
 
 
570 aa  140  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  39.84 
 
 
408 aa  140  7e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.25 
 
 
596 aa  140  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  35.42 
 
 
571 aa  140  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  34.46 
 
 
574 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  34.65 
 
 
562 aa  139  8.999999999999999e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
593 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
575 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
588 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  34.17 
 
 
591 aa  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  35.02 
 
 
568 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  35.02 
 
 
568 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
558 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  35.02 
 
 
568 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  36.12 
 
 
400 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
586 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
559 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
559 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  35.32 
 
 
571 aa  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
558 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  35.59 
 
 
557 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
558 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
558 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  38.1 
 
 
500 aa  138  2e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  33.81 
 
 
592 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  38.1 
 
 
491 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 
586 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  32.14 
 
 
575 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.55 
 
 
403 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.19 
 
 
411 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  33.45 
 
 
591 aa  137  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.43 
 
 
736 aa  137  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  35.8 
 
 
578 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1567  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
558 aa  136  7.000000000000001e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.449646  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  36.8 
 
 
570 aa  137  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  34.19 
 
 
382 aa  136  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0873  30S ribosomal protein S1  34.26 
 
 
551 aa  136  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0435842  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  33.33 
 
 
705 aa  136  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  36.46 
 
 
387 aa  136  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  35.57 
 
 
558 aa  136  9e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  35.94 
 
 
391 aa  136  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  34.19 
 
 
382 aa  136  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  35.94 
 
 
391 aa  136  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  38.1 
 
 
485 aa  136  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  34.18 
 
 
563 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  35.36 
 
 
556 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  33.45 
 
 
560 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  34.19 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  34.18 
 
 
563 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  35 
 
 
547 aa  135  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  32.86 
 
 
586 aa  135  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0481  30S ribosomal protein S1  33.59 
 
 
557 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  34.16 
 
 
561 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  37.7 
 
 
495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  35.36 
 
 
556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  34.83 
 
 
570 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  37 
 
 
564 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  40.69 
 
 
493 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  34.24 
 
 
557 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  35.46 
 
 
569 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  46.3 
 
 
418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  37.2 
 
 
515 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  36.17 
 
 
573 aa  134  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  38.26 
 
 
487 aa  134  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  34.42 
 
 
558 aa  134  5e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  38 
 
 
495 aa  134  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>