More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_1292 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  100 
 
 
396 aa  782    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  58.01 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  55.77 
 
 
408 aa  396  1e-109  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  50 
 
 
400 aa  373  1e-102  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  54.39 
 
 
400 aa  358  8e-98  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  45.06 
 
 
399 aa  325  9e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  48.46 
 
 
382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  47.11 
 
 
387 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  46.36 
 
 
382 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 
382 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  45.45 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  46.09 
 
 
382 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  46.59 
 
 
387 aa  295  8e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  45.23 
 
 
385 aa  292  9e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.46 
 
 
736 aa  291  2e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  43.64 
 
 
392 aa  283  5.000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  41.9 
 
 
391 aa  279  5e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  41.9 
 
 
391 aa  279  5e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  42.69 
 
 
405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  42.6 
 
 
403 aa  268  1e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  42.73 
 
 
418 aa  267  2.9999999999999995e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  41.07 
 
 
529 aa  267  2.9999999999999995e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.96 
 
 
672 aa  266  4e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.65 
 
 
687 aa  266  4e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  38.03 
 
 
678 aa  263  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.84 
 
 
654 aa  260  4e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.06 
 
 
661 aa  257  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.23 
 
 
705 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  42.39 
 
 
491 aa  255  9e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  41.29 
 
 
495 aa  255  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.74 
 
 
677 aa  253  4.0000000000000004e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  42.31 
 
 
479 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  41.37 
 
 
493 aa  252  8.000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  41.76 
 
 
480 aa  252  8.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  42.31 
 
 
479 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  42.31 
 
 
479 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  40.73 
 
 
495 aa  252  9.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  42.01 
 
 
499 aa  251  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  41.64 
 
 
487 aa  251  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  41.62 
 
 
407 aa  251  1e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  41.36 
 
 
487 aa  251  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.78 
 
 
694 aa  251  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  40.45 
 
 
500 aa  251  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  40.96 
 
 
400 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  42.49 
 
 
492 aa  250  2e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  41.48 
 
 
496 aa  250  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  42.01 
 
 
481 aa  250  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  42.01 
 
 
481 aa  250  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 
493 aa  249  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  40.73 
 
 
481 aa  249  5e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  41.21 
 
 
490 aa  249  8e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  40.73 
 
 
488 aa  248  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  40.93 
 
 
488 aa  247  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  41.25 
 
 
427 aa  248  2e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  41.48 
 
 
492 aa  247  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  41.59 
 
 
492 aa  248  2e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  42.53 
 
 
500 aa  246  6.999999999999999e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.33 
 
 
686 aa  245  8e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.17 
 
 
676 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  39.66 
 
 
490 aa  244  9.999999999999999e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  39.94 
 
 
485 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  41.01 
 
 
491 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  41.01 
 
 
491 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.63 
 
 
411 aa  242  7e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.06 
 
 
403 aa  242  9e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  40.51 
 
 
493 aa  242  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  40.51 
 
 
485 aa  242  9e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  41.42 
 
 
515 aa  241  1e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  42.41 
 
 
558 aa  241  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.4 
 
 
598 aa  241  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.5 
 
 
672 aa  238  1e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  37.08 
 
 
557 aa  238  2e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  40.48 
 
 
539 aa  237  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  40.51 
 
 
488 aa  238  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 
493 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 
493 aa  236  6e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  38.32 
 
 
496 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  39.61 
 
 
568 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  39.61 
 
 
568 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 
560 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 
555 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  40.06 
 
 
485 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  39.42 
 
 
569 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  39.42 
 
 
569 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  36.34 
 
 
561 aa  233  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
562 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  38.73 
 
 
573 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
562 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
562 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
561 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  36.56 
 
 
561 aa  230  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 
562 aa  230  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  36.41 
 
 
562 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
561 aa  229  7e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>