More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0896 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 408 aa  808    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  61.35 
 
 		 400 aa  489  1e-137  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  62.59 
 
 		 400 aa  463  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  55.77 
 
 		 396 aa  396  1e-109  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  51.24 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 		 399 aa  325  7e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  43.99 
 
 		 387 aa  297  2e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  48.1 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 		 382 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 		 382 aa  291  2e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 		 382 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 		 382 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  47.97 
 
 		 382 aa  290  3e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  48.01 
 
 		 382 aa  290  3e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  47.38 
 
 		 382 aa  290  4e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  47.67 
 
 		 382 aa  290  4e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  47.97 
 
 		 382 aa  289  7e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  47.67 
 
 		 382 aa  289  7e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  45.99 
 
 		 387 aa  286  4e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  46.44 
 
 		 385 aa  276  4e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  44.29 
 
 		 686 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.81 
 
 		 672 aa  269  8.999999999999999e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.29 
 
 		 736 aa  265  8.999999999999999e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  46.2 
 
 		 677 aa  265  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  42.82 
 
 		 391 aa  262  6e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  42.82 
 
 		 391 aa  262  6e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.91 
 
 		 676 aa  262  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  43.58 
 
 		 405 aa  257  2e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.24 
 
 		 705 aa  255  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.61 
 
 		 654 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  43.79 
 
 		 403 aa  253  3e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  44.54 
 
 		 495 aa  253  4.0000000000000004e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  42.53 
 
 		 392 aa  252  8.000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 479 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 479 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 479 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  43.36 
 
 		 487 aa  250  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  43.43 
 
 		 493 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 		 492 aa  250  3e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  44.08 
 
 		 487 aa  250  4e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  44.08 
 
 		 490 aa  249  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  43.36 
 
 		 480 aa  249  7e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 		 481 aa  249  7e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  43.79 
 
 		 481 aa  249  8e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 		 481 aa  249  8e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  43.66 
 
 		 493 aa  248  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  42.81 
 
 		 491 aa  248  1e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  40.78 
 
 		 400 aa  248  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  43.79 
 
 		 492 aa  247  2e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  42.44 
 
 		 427 aa  248  2e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  42.82 
 
 		 418 aa  247  2e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 		 488 aa  248  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  37.22 
 
 		 678 aa  247  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  43.62 
 
 		 499 aa  247  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  43.36 
 
 		 488 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  42.77 
 
 		 500 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  40.83 
 
 		 579 aa  246  4e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  43.29 
 
 		 407 aa  245  9.999999999999999e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  43.36 
 
 		 496 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.55 
 
 		 403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  39.67 
 
 		 598 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  43.03 
 
 		 529 aa  243  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 		 492 aa  243  3e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.89 
 
 		 661 aa  243  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  43.24 
 
 		 493 aa  243  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 490 aa  243  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.44 
 
 		 411 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  43.07 
 
 		 495 aa  243  6e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  40.99 
 
 		 587 aa  242  7.999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 488 aa  241  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.06 
 
 		 687 aa  239  5e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  43.2 
 
 		 515 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  41.3 
 
 		 485 aa  239  9e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.41 
 
 		 643 aa  239  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  43.36 
 
 		 485 aa  237  4e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  40.06 
 
 		 573 aa  236  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  43.36 
 
 		 496 aa  236  6e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 500 aa  236  8e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  40.84 
 
 		 539 aa  236  8e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  41.86 
 
 		 558 aa  235  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  37.29 
 
 		 609 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  41.59 
 
 		 491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  41.59 
 
 		 491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  39.55 
 
 		 556 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  40.41 
 
 		 485 aa  232  8.000000000000001e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 		 584 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  41.34 
 
 		 557 aa  232  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 493 aa  231  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 493 aa  231  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 		 584 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  37.3 
 
 		 557 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  40.14 
 
 		 504 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  42.53 
 
 		 505 aa  228  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  43.7 
 
 		 561 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  43.7 
 
 		 561 aa  226  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  44.65 
 
 		 574 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  36.91 
 
 		 720 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  37.68 
 
 		 560 aa  224  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  38.51 
 
 		 378 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  41.55 
 
 		 564 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>