More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2872 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  79.8 
 
 		 493 aa  780    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  79.15 
 
 		 496 aa  768    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  80.58 
 
 		 480 aa  751    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  83.6 
 
 		 495 aa  805    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  79.84 
 
 		 500 aa  742    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  79.26 
 
 		 493 aa  753    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  81.74 
 
 		 488 aa  758    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  69.34 
 
 		 500 aa  635    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  77.51 
 
 		 485 aa  716    Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 487 aa  981    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  76.57 
 
 		 492 aa  730    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  80.25 
 
 		 487 aa  751    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  90.58 
 
 		 499 aa  877    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  79.22 
 
 		 492 aa  752    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  79.07 
 
 		 496 aa  726    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  75.26 
 
 		 493 aa  713    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  90.55 
 
 		 481 aa  859    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  92.01 
 
 		 479 aa  883    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  77.41 
 
 		 485 aa  746    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  79.06 
 
 		 490 aa  753    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  75.7 
 
 		 507 aa  702    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  80.04 
 
 		 488 aa  764    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  81.31 
 
 		 488 aa  749    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  81.02 
 
 		 492 aa  780    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  79.43 
 
 		 505 aa  709    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  91.21 
 
 		 481 aa  879    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  78.42 
 
 		 491 aa  748    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  78.63 
 
 		 491 aa  749    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  92.01 
 
 		 479 aa  883    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  75.21 
 
 		 515 aa  723    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  81.41 
 
 		 495 aa  785    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  78.32 
 
 		 493 aa  727    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  78.88 
 
 		 493 aa  730    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  81.28 
 
 		 490 aa  769    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  92.01 
 
 		 479 aa  883    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  70.33 
 
 		 491 aa  687    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  90.97 
 
 		 481 aa  877    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  79.39 
 
 		 485 aa  766    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  62.85 
 
 		 427 aa  488  1e-137  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  64.15 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  65.03 
 
 		 403 aa  464  1e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  63.71 
 
 		 418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  65.59 
 
 		 407 aa  433  1e-120  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  59 
 
 		 529 aa  412  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  60.74 
 
 		 411 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.49 
 
 		 676 aa  353  4e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  51.61 
 
 		 677 aa  345  1e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  45.41 
 
 		 736 aa  343  5.999999999999999e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.85 
 
 		 672 aa  342  9e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  49.25 
 
 		 678 aa  333  4e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.29 
 
 		 654 aa  326  5e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.7 
 
 		 400 aa  305  9.000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.86 
 
 		 411 aa  302  9e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.94 
 
 		 560 aa  301  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.01 
 
 		 661 aa  300  5e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  43.8 
 
 		 557 aa  296  7e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  45.56 
 
 		 560 aa  294  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.18 
 
 		 403 aa  291  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  44.57 
 
 		 560 aa  291  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  45.88 
 
 		 561 aa  290  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  42.5 
 
 		 558 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  42.2 
 
 		 573 aa  288  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  42.9 
 
 		 559 aa  288  2e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.01 
 
 		 568 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  41.76 
 
 		 705 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.01 
 
 		 568 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  43.01 
 
 		 568 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  43.06 
 
 		 556 aa  287  4e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  39.6 
 
 		 559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  43.02 
 
 		 563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  43.02 
 
 		 563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  41.97 
 
 		 587 aa  285  1.0000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  42.9 
 
 		 557 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  45 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 559 aa  283  4.0000000000000003e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.2 
 
 		 672 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  44.66 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  40.86 
 
 		 720 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  45.19 
 
 		 556 aa  283  7.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  46.18 
 
 		 557 aa  283  7.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 555 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  42.38 
 
 		 558 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  41.39 
 
 		 378 aa  282  8.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>