More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2989 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  78.9 
 
 		 491 aa  762    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  82.62 
 
 		 500 aa  772    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  77.27 
 
 		 499 aa  741    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  81.28 
 
 		 487 aa  767    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  69.37 
 
 		 500 aa  649    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  80.21 
 
 		 485 aa  755    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  84.07 
 
 		 485 aa  751    Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  78.79 
 
 		 493 aa  758    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  81.15 
 
 		 488 aa  778    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  82.04 
 
 		 488 aa  761    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  82.68 
 
 		 496 aa  750    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  80.58 
 
 		 492 aa  764    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  80.21 
 
 		 485 aa  762    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  79.44 
 
 		 493 aa  745    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  79.44 
 
 		 493 aa  745    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  76.02 
 
 		 493 aa  729    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  81.69 
 
 		 488 aa  756    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  80.87 
 
 		 479 aa  766    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  71.72 
 
 		 491 aa  694    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  85.74 
 
 		 480 aa  790    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  80.87 
 
 		 479 aa  766    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  79.72 
 
 		 505 aa  731    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  82.68 
 
 		 493 aa  799    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  76.73 
 
 		 507 aa  707    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  81.85 
 
 		 495 aa  785    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  79.39 
 
 		 491 aa  762    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  82.48 
 
 		 492 aa  780    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  80.52 
 
 		 495 aa  768    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  83.78 
 
 		 487 aa  793    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  78.25 
 
 		 515 aa  753    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  81.25 
 
 		 496 aa  780    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  79.83 
 
 		 481 aa  742    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 490 aa  983    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  78.84 
 
 		 492 aa  757    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  80.87 
 
 		 479 aa  766    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  81.04 
 
 		 481 aa  766    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  80.29 
 
 		 481 aa  755    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  81.12 
 
 		 490 aa  757    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  64.69 
 
 		 427 aa  497  1e-139  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  64.24 
 
 		 403 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  64.62 
 
 		 405 aa  450  1e-125  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  62.68 
 
 		 418 aa  448  1.0000000000000001e-124  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  65 
 
 		 407 aa  426  1e-118  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  60.65 
 
 		 529 aa  420  1e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  60.73 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.07 
 
 		 736 aa  344  2e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.85 
 
 		 676 aa  342  1e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.55 
 
 		 672 aa  341  1e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  47.86 
 
 		 678 aa  330  2e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.45 
 
 		 677 aa  330  4e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.44 
 
 		 654 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.69 
 
 		 411 aa  311  2e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.35 
 
 		 661 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.18 
 
 		 400 aa  303  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.96 
 
 		 403 aa  301  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 557 aa  293  3e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  42.07 
 
 		 573 aa  290  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.55 
 
 		 560 aa  290  5.0000000000000004e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.97 
 
 		 687 aa  289  7e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.8 
 
 		 415 aa  288  2e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  42.45 
 
 		 382 aa  288  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.89 
 
 		 672 aa  287  2.9999999999999996e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  44.03 
 
 		 560 aa  286  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  45.35 
 
 		 559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 		 568 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 		 568 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 		 568 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  40.75 
 
 		 604 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.69 
 
 		 705 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  44.13 
 
 		 558 aa  284  3.0000000000000004e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 720 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 		 564 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  45.78 
 
 		 560 aa  283  5.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 596 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 		 564 aa  283  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 562 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  42.4 
 
 		 378 aa  282  1e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 562 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 562 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  41.6 
 
 		 587 aa  281  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  45.48 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  43.1 
 
 		 589 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  45.65 
 
 		 560 aa  280  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  43.1 
 
 		 571 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 558 aa  280  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  43.18 
 
 		 574 aa  280  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  43.1 
 
 		 577 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  45.35 
 
 		 561 aa  280  5e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  42.11 
 
 		 378 aa  280  5e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 399 aa  280  5e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 		 570 aa  280  5e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  43.73 
 
 		 571 aa  280  6e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>