More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1079 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
427 aa  838    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  66.41 
 
 
500 aa  503  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  65.48 
 
 
480 aa  503  1e-141  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  64.54 
 
 
495 aa  501  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  65.24 
 
 
515 aa  501  1e-141  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  63.18 
 
 
493 aa  499  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  64.97 
 
 
495 aa  500  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  65.89 
 
 
491 aa  498  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  64.09 
 
 
488 aa  496  1e-139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  65.89 
 
 
491 aa  497  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  63.73 
 
 
490 aa  497  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  64.95 
 
 
490 aa  492  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  64.3 
 
 
492 aa  493  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  63.96 
 
 
488 aa  492  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  63.18 
 
 
492 aa  491  9.999999999999999e-139  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  63.36 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  62.69 
 
 
493 aa  492  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  66.06 
 
 
487 aa  491  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  61.96 
 
 
485 aa  488  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  63.57 
 
 
481 aa  489  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  62.94 
 
 
479 aa  489  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  62.94 
 
 
479 aa  489  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  64.95 
 
 
485 aa  489  1e-137  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  65.17 
 
 
493 aa  490  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  62.94 
 
 
479 aa  489  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  65.17 
 
 
493 aa  490  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  63.57 
 
 
481 aa  489  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  61.37 
 
 
488 aa  485  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  62.85 
 
 
487 aa  486  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  63.89 
 
 
496 aa  487  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  64.45 
 
 
492 aa  486  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  63.59 
 
 
485 aa  481  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  65.38 
 
 
493 aa  484  1e-135  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  63.87 
 
 
496 aa  481  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  61.6 
 
 
499 aa  479  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  62.95 
 
 
491 aa  478  1e-133  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  61.89 
 
 
507 aa  466  9.999999999999999e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  63.57 
 
 
500 aa  458  9.999999999999999e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  63.64 
 
 
505 aa  454  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  60.22 
 
 
405 aa  435  1e-121  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  59.89 
 
 
418 aa  426  1e-118  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  59.49 
 
 
403 aa  425  1e-118  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  59.5 
 
 
407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  59.23 
 
 
529 aa  393  1e-108  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  62.35 
 
 
411 aa  372  1e-102  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  46.47 
 
 
676 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.15 
 
 
736 aa  332  5e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.81 
 
 
672 aa  330  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.32 
 
 
677 aa  329  5.0000000000000004e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  50.43 
 
 
678 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.12 
 
 
654 aa  316  5e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.62 
 
 
705 aa  306  5.0000000000000004e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.21 
 
 
661 aa  299  6e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  41.58 
 
 
400 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  42.51 
 
 
573 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.9 
 
 
411 aa  288  2e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  40.22 
 
 
596 aa  284  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.93 
 
 
403 aa  282  6.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  41.09 
 
 
587 aa  282  7.000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  40.95 
 
 
569 aa  280  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  38.62 
 
 
577 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  42.82 
 
 
387 aa  279  6e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  41.93 
 
 
557 aa  279  7e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  38.92 
 
 
577 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.06 
 
 
687 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.21 
 
 
573 aa  277  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  41.81 
 
 
382 aa  277  3e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.64 
 
 
415 aa  276  5e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  40.62 
 
 
604 aa  276  6e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  40.48 
 
 
720 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  42.04 
 
 
568 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  42.04 
 
 
568 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  42.04 
 
 
568 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  43.49 
 
 
584 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  45.02 
 
 
385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  40.65 
 
 
557 aa  273  4.0000000000000004e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  43.49 
 
 
584 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  43.07 
 
 
560 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.51 
 
 
598 aa  272  6e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  39.64 
 
 
569 aa  273  6e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  39.64 
 
 
569 aa  273  6e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  42.57 
 
 
568 aa  272  7e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  42.57 
 
 
568 aa  272  7e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  41.55 
 
 
378 aa  272  7e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  41.55 
 
 
558 aa  272  8.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
569 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  41.27 
 
 
378 aa  272  9e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  39.45 
 
 
559 aa  271  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  39.84 
 
 
569 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  40.9 
 
 
597 aa  272  1e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  38.38 
 
 
574 aa  271  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  38.72 
 
 
593 aa  272  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  42.36 
 
 
567 aa  272  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  40.22 
 
 
561 aa  271  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  42.24 
 
 
556 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.79 
 
 
672 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  40.46 
 
 
382 aa  270  4e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  40.75 
 
 
382 aa  270  5e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  42.6 
 
 
584 aa  270  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  40.75 
 
 
382 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>