More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0873 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0873  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 551 aa  1102    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0435842  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0613  RNA binding S1 domain protein  57.17 
 
 		 558 aa  619  1e-176  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000620529  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0481  30S ribosomal protein S1  58.2 
 
 		 557 aa  612  9.999999999999999e-175  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1250  30S ribosomal protein S1  56.64 
 
 		 557 aa  605  9.999999999999999e-173  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1567  30S ribosomal protein S1  57.4 
 
 		 558 aa  603  1.0000000000000001e-171  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.449646  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0972  30S ribosomal protein S1  56.62 
 
 		 556 aa  594  1e-168  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.577662  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0902  30S ribosomal protein S1  56.25 
 
 		 556 aa  590  1e-167  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0514  30S ribosomal protein S1  57.51 
 
 		 557 aa  585  1e-166  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0920  30S ribosomal protein S1  55.33 
 
 		 556 aa  582  1.0000000000000001e-165  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1190  30S ribosomal protein S1  56.83 
 
 		 517 aa  559  1e-158  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  33.69 
 
 		 579 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  32.11 
 
 		 575 aa  301  3e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  31.24 
 
 		 560 aa  299  8e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  31.31 
 
 		 559 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  31.31 
 
 		 559 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  31.61 
 
 		 573 aa  296  6e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  32.72 
 
 		 577 aa  296  8e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  32.6 
 
 		 593 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  31.69 
 
 		 561 aa  294  3e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  31.92 
 
 		 577 aa  293  6e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  30.89 
 
 		 556 aa  293  7e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  33.09 
 
 		 557 aa  293  7e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  31.44 
 
 		 567 aa  292  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  32.34 
 
 		 570 aa  292  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  30.65 
 
 		 559 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  32.45 
 
 		 557 aa  291  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  30.91 
 
 		 559 aa  291  3e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  31.34 
 
 		 604 aa  288  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  30.89 
 
 		 558 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  32.77 
 
 		 596 aa  288  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  32.74 
 
 		 573 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  31.95 
 
 		 584 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  32.31 
 
 		 584 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  32.25 
 
 		 586 aa  287  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  31.26 
 
 		 560 aa  286  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  32.44 
 
 		 555 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 		 553 aa  286  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  31.31 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  32.13 
 
 		 584 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  30.88 
 
 		 555 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  31.42 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  31.12 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  31.12 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  31.12 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  31.98 
 
 		 574 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  31.76 
 
 		 558 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  30.7 
 
 		 556 aa  283  6.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  31.76 
 
 		 558 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  31.12 
 
 		 555 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  31.76 
 
 		 558 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  31.76 
 
 		 558 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  31.29 
 
 		 555 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  33.09 
 
 		 574 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  31.29 
 
 		 555 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  31.55 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  31.24 
 
 		 555 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  31.24 
 
 		 555 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  31.24 
 
 		 555 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  31.24 
 
 		 555 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  30.32 
 
 		 555 aa  281  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  31.33 
 
 		 563 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  30.18 
 
 		 560 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  30.76 
 
 		 560 aa  280  4e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  33.67 
 
 		 504 aa  279  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  31.28 
 
 		 563 aa  279  8e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  30.99 
 
 		 563 aa  279  9e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  31.33 
 
 		 609 aa  279  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  32.55 
 
 		 558 aa  278  2e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  32.37 
 
 		 558 aa  276  5e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  30.23 
 
 		 563 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  30.23 
 
 		 563 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  31.19 
 
 		 559 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  30.7 
 
 		 557 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  30.29 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  30.29 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  30.45 
 
 		 555 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 		 547 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  31.03 
 
 		 559 aa  273  5.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  29.42 
 
 		 568 aa  272  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  29.86 
 
 		 556 aa  272  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  29.44 
 
 		 560 aa  272  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  29.42 
 
 		 568 aa  272  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  31.77 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  29.86 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  31.99 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  29.81 
 
 		 564 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  31 
 
 		 569 aa  270  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  29.96 
 
 		 555 aa  270  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  29.81 
 
 		 564 aa  270  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  30.82 
 
 		 557 aa  270  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  31.42 
 
 		 571 aa  268  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  31.79 
 
 		 571 aa  269  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>