197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1010 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1010  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 859 aa  1746    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.445271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  40.34 
 
 		 799 aa  513  1e-144  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  29.69 
 
 		 850 aa  128  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.21 
 
 		 762 aa  96.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  28.27 
 
 		 779 aa  90.1  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  28.07 
 
 		 781 aa  89  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.62 
 
 		 492 aa  88.2  6e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  28.88 
 
 		 828 aa  87.8  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.52 
 
 		 944 aa  85.9  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  21 
 
 		 764 aa  85.9  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.61 
 
 		 744 aa  84.3  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  27.5 
 
 		 780 aa  83.2  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  23.28 
 
 		 843 aa  81.6  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  22.91 
 
 		 737 aa  81.3  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  29.47 
 
 		 566 aa  80.9  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 775 aa  77.4  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  26.93 
 
 		 783 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  23.21 
 
 		 741 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  26.45 
 
 		 763 aa  72  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  27.66 
 
 		 933 aa  72  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  25.42 
 
 		 919 aa  71.6  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  24.67 
 
 		 726 aa  71.2  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  26.85 
 
 		 929 aa  71.2  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  23.79 
 
 		 899 aa  70.5  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2279  CRISPR-associated helicase Cas3  24.32 
 
 		 548 aa  69.3  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  26.25 
 
 		 917 aa  68.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1268  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.3 
 
 		 488 aa  67.4  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0968245 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  23.33 
 
 		 883 aa  65.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.09 
 
 		 741 aa  65.5  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  25.99 
 
 		 795 aa  65.5  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  25 
 
 		 856 aa  65.1  0.000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  25.77 
 
 		 801 aa  64.7  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1134  CRISPR-associated helicase Cas3  25.58 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0626867  hitchhiker  0.000000190446 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  27 
 
 		 729 aa  64.7  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  25.35 
 
 		 864 aa  63.9  0.00000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  42.11 
 
 		 750 aa  63.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  23.73 
 
 		 750 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  24.02 
 
 		 804 aa  63.9  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  23.82 
 
 		 905 aa  63.2  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  22.3 
 
 		 868 aa  62.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  23.93 
 
 		 871 aa  61.2  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  25.76 
 
 		 827 aa  60.8  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  22.68 
 
 		 944 aa  60.1  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  26.33 
 
 		 887 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  27.64 
 
 		 819 aa  59.7  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  25.61 
 
 		 873 aa  59.7  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  26.26 
 
 		 888 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  26.26 
 
 		 888 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  24.1 
 
 		 907 aa  58.2  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  22.43 
 
 		 800 aa  58.2  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0622  ATP-dependent RNA helicase DbpA  30.6 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  24.29 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  26.26 
 
 		 888 aa  57.8  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  21.95 
 
 		 736 aa  57.4  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  24.31 
 
 		 879 aa  57.4  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4311  ATP-dependent RNA helicase DbpA  30.22 
 
 		 465 aa  55.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  22.88 
 
 		 921 aa  55.8  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4421  ATP-dependent RNA helicase DbpA  30.22 
 
 		 465 aa  55.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.111124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.29 
 
 		 885 aa  55.8  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  20.09 
 
 		 820 aa  55.8  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  42.11 
 
 		 832 aa  55.5  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  25.21 
 
 		 811 aa  55.1  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  33.33 
 
 		 927 aa  54.7  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  51.92 
 
 		 721 aa  54.7  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.93 
 
 		 971 aa  54.3  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.61 
 
 		 892 aa  53.9  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  48.28 
 
 		 807 aa  53.9  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.46 
 
 		 1476 aa  53.9  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  22.22 
 
 		 860 aa  54.3  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1525  CRISPR-associated helicase Cas3  18.61 
 
 		 582 aa  54.3  0.00001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2819  ATP-dependent helicase  23.49 
 
 		 915 aa  53.5  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  29.8 
 
 		 726 aa  53.1  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.57 
 
 		 724 aa  53.1  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  30.74 
 
 		 466 aa  52.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  36.36 
 
 		 948 aa  52.8  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3405  DEAD/DEAH box helicase-like  26.14 
 
 		 861 aa  52.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  27.65 
 
 		 1540 aa  52.4  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  37.14 
 
 		 922 aa  52  0.00005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5098  ATP-dependent RNA helicase DbpA  28.63 
 
 		 465 aa  52  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.562365  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  27.44 
 
 		 888 aa  52  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  22.08 
 
 		 823 aa  52  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3249  ATP-dependent RNA helicase DbpA  28.63 
 
 		 465 aa  52  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277415 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  33.65 
 
 		 912 aa  52  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  28.02 
 
 		 869 aa  51.6  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.97 
 
 		 837 aa  51.2  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.86 
 
 		 694 aa  51.2  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.84 
 
 		 861 aa  51.2  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.400672  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0214  ATP-dependent RNA helicase DbpA  29.01 
 
 		 465 aa  51.2  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.84 
 
 		 861 aa  51.2  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4436  ATP-dependent RNA helicase DbpA  30.47 
 
 		 467 aa  50.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4994  ATP-dependent RNA helicase DbpA  28.24 
 
 		 465 aa  50.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.317597  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  24.08 
 
 		 854 aa  50.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  32.71 
 
 		 939 aa  50.8  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  28.81 
 
 		 842 aa  50.4  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  23.65 
 
 		 885 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4313  ATP-dependent RNA helicase DbpA  28.24 
 
 		 465 aa  50.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  hitchhiker  0.00000166759 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  28.63 
 
 		 465 aa  50.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  24.59 
 
 		 897 aa  49.7  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  22.25 
 
 		 836 aa  50.1  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3171  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.82 
 
 		 817 aa  49.7  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.84372 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>