172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1001 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  59.47 
 
 		 1027 aa  847    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 801 aa  1598    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  58.29 
 
 		 811 aa  791    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  29.45 
 
 		 804 aa  249  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  28.86 
 
 		 795 aa  242  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  30.58 
 
 		 783 aa  233  8.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  30.78 
 
 		 779 aa  231  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  31.05 
 
 		 781 aa  229  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  26 
 
 		 750 aa  207  8e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  24.5 
 
 		 741 aa  194  5e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  32.47 
 
 		 791 aa  161  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.26 
 
 		 762 aa  144  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.23 
 
 		 744 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  24.12 
 
 		 737 aa  142  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  24.08 
 
 		 726 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  25.95 
 
 		 917 aa  134  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 729 aa  129  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  22.89 
 
 		 775 aa  124  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  20.5 
 
 		 764 aa  117  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  28.26 
 
 		 921 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.94 
 
 		 736 aa  115  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.62 
 
 		 885 aa  114  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  24.54 
 
 		 750 aa  111  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.06 
 
 		 763 aa  110  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  24.46 
 
 		 741 aa  110  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.59 
 
 		 971 aa  107  6e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  27.64 
 
 		 883 aa  104  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  27.57 
 
 		 899 aa  103  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  28.08 
 
 		 912 aa  103  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  31.47 
 
 		 901 aa  103  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  28.35 
 
 		 905 aa  102  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  24.24 
 
 		 778 aa  101  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  26.16 
 
 		 854 aa  101  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  28.74 
 
 		 912 aa  101  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  27.23 
 
 		 948 aa  100  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  22.05 
 
 		 729 aa  99.8  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  27.59 
 
 		 860 aa  98.2  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.84 
 
 		 892 aa  97.4  8e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.32 
 
 		 724 aa  96.7  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  29.48 
 
 		 907 aa  96.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  25.97 
 
 		 888 aa  93.6  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  27.71 
 
 		 929 aa  92.8  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  28 
 
 		 906 aa  92.8  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  25.13 
 
 		 888 aa  92  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  27.96 
 
 		 854 aa  91.7  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  25.65 
 
 		 888 aa  91.3  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  26.27 
 
 		 823 aa  91.3  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  28.82 
 
 		 887 aa  91.3  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  29.18 
 
 		 899 aa  90.9  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  29.81 
 
 		 919 aa  90.1  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  29.02 
 
 		 879 aa  89.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.3 
 
 		 733 aa  89  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  28.53 
 
 		 871 aa  86.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  31.17 
 
 		 897 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  30.41 
 
 		 922 aa  85.9  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  29.78 
 
 		 933 aa  85.1  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  24.29 
 
 		 827 aa  84.3  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  26.39 
 
 		 915 aa  84  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  30.46 
 
 		 897 aa  84  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25.76 
 
 		 776 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  26.84 
 
 		 887 aa  82.4  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  21.96 
 
 		 807 aa  82  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  26.25 
 
 		 887 aa  82  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.86 
 
 		 920 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.77 
 
 		 962 aa  81.6  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.3 
 
 		 837 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  27.13 
 
 		 908 aa  81.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  28.5 
 
 		 701 aa  80.9  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  27.08 
 
 		 927 aa  80.1  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  26.76 
 
 		 799 aa  80.5  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  27.05 
 
 		 904 aa  79.7  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  26.75 
 
 		 944 aa  79  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  28.85 
 
 		 860 aa  77.8  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  25.93 
 
 		 899 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  29.09 
 
 		 594 aa  76.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  27.35 
 
 		 892 aa  75.5  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  23.31 
 
 		 778 aa  75.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  25.21 
 
 		 899 aa  75.5  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  24.94 
 
 		 908 aa  74.7  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  29.02 
 
 		 1540 aa  74.3  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  28.07 
 
 		 965 aa  73.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  27.41 
 
 		 772 aa  73.9  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  22.68 
 
 		 651 aa  73.6  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  25.21 
 
 		 885 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  23.68 
 
 		 783 aa  72.4  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 836 aa  71.2  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.93 
 
 		 897 aa  70.1  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  27.3 
 
 		 722 aa  70.1  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.71 
 
 		 970 aa  69.3  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  27.52 
 
 		 873 aa  70.1  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  27.68 
 
 		 943 aa  69.3  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  27.7 
 
 		 828 aa  69.7  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  23.29 
 
 		 739 aa  70.1  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  25.27 
 
 		 722 aa  69.3  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  29.2 
 
 		 850 aa  68.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  26.23 
 
 		 864 aa  68.6  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.19 
 
 		 944 aa  68.6  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  23.38 
 
 		 794 aa  67.8  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 		 1078 aa  67.4  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  25.87 
 
 		 832 aa  67  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>