123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0340 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  100 
 
 		 885 aa  1771    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  46.68 
 
 		 857 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  44.73 
 
 		 876 aa  527  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  40.45 
 
 		 871 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  41.5 
 
 		 868 aa  491  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  42.12 
 
 		 881 aa  488  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  40.54 
 
 		 888 aa  459  1e-127  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  39.89 
 
 		 887 aa  452  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  34.23 
 
 		 883 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  28.73 
 
 		 888 aa  221  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  28.5 
 
 		 888 aa  219  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  32.13 
 
 		 906 aa  218  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  28.08 
 
 		 888 aa  215  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  31.68 
 
 		 892 aa  215  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  30.44 
 
 		 897 aa  205  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  29.77 
 
 		 912 aa  204  6e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.32 
 
 		 920 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  29.87 
 
 		 899 aa  202  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  28.41 
 
 		 915 aa  201  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.73 
 
 		 892 aa  201  6e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  27.8 
 
 		 921 aa  201  6e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  29.87 
 
 		 887 aa  199  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.6 
 
 		 897 aa  198  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  33.69 
 
 		 701 aa  199  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  29.73 
 
 		 887 aa  198  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  28.77 
 
 		 908 aa  197  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  29.52 
 
 		 899 aa  195  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  29.09 
 
 		 885 aa  192  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  28.59 
 
 		 899 aa  190  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  29.18 
 
 		 907 aa  187  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  29.33 
 
 		 904 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  30.77 
 
 		 897 aa  185  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  28.27 
 
 		 912 aa  185  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  30.25 
 
 		 854 aa  184  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  30.37 
 
 		 927 aa  181  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  29.96 
 
 		 944 aa  180  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  32.74 
 
 		 901 aa  177  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  29.55 
 
 		 854 aa  177  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.84 
 
 		 885 aa  173  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  27.16 
 
 		 823 aa  171  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  30.48 
 
 		 871 aa  167  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  32.3 
 
 		 860 aa  164  6e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.12 
 
 		 860 aa  164  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  31.43 
 
 		 837 aa  162  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  29.87 
 
 		 905 aa  156  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  34.01 
 
 		 594 aa  156  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.91 
 
 		 971 aa  154  5e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  30.22 
 
 		 879 aa  155  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  30.12 
 
 		 943 aa  153  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  29.82 
 
 		 899 aa  151  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  25.48 
 
 		 948 aa  145  3e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  29.65 
 
 		 968 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.14 
 
 		 962 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  29.15 
 
 		 922 aa  141  6e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  27.86 
 
 		 929 aa  139  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  28.87 
 
 		 965 aa  139  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.65 
 
 		 970 aa  138  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  28.81 
 
 		 1540 aa  134  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.02 
 
 		 944 aa  132  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  25.36 
 
 		 887 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  27.19 
 
 		 919 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  28.21 
 
 		 832 aa  127  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  24.84 
 
 		 908 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  29.27 
 
 		 986 aa  122  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  31.11 
 
 		 918 aa  122  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  31.91 
 
 		 917 aa  121  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  29 
 
 		 933 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  33.5 
 
 		 456 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  22.07 
 
 		 737 aa  107  9e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  28 
 
 		 763 aa  107  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  24.87 
 
 		 729 aa  102  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  22.61 
 
 		 741 aa  88.2  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  26.42 
 
 		 744 aa  87  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  26.85 
 
 		 729 aa  86.7  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  27.37 
 
 		 726 aa  86.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  25.75 
 
 		 762 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  22.73 
 
 		 764 aa  82.8  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  28.68 
 
 		 804 aa  82.8  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.88 
 
 		 736 aa  82.4  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  25.88 
 
 		 781 aa  80.5  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  24.21 
 
 		 750 aa  79.7  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  27.38 
 
 		 566 aa  79  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  25.14 
 
 		 741 aa  77.8  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  24.81 
 
 		 775 aa  77.4  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  26.13 
 
 		 783 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  27.23 
 
 		 799 aa  72  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  25.07 
 
 		 779 aa  70.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  24.94 
 
 		 778 aa  66.6  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  23.08 
 
 		 750 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  27.88 
 
 		 780 aa  64.3  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2872  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  33.57 
 
 		 1209 aa  63.9  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.286079  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  25.41 
 
 		 795 aa  62.8  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  25.87 
 
 		 1027 aa  62  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  26.81 
 
 		 827 aa  61.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  33.9 
 
 		 843 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  27.61 
 
 		 873 aa  59.3  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4478  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.41 
 
 		 967 aa  56.6  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1268  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.89 
 
 		 488 aa  55.1  0.000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0968245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  26.05 
 
 		 801 aa  53.9  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  33.88 
 
 		 828 aa  54.3  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>