161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3909 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  57.75 
 
 		 970 aa  1020    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  100 
 
 		 1540 aa  3083    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  59.27 
 
 		 968 aa  1025    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  59.92 
 
 		 965 aa  1057    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  48.53 
 
 		 986 aa  715    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  42.8 
 
 		 918 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1535  Cse1 family CRISPR-associated protein  56.76 
 
 		 568 aa  560  1e-157  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2680  CRISPR-associated protein, Cse1 family  56.82 
 
 		 561 aa  557  1e-157  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00401114  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1600  CRISPR-associated Cse1 family protein  55.2 
 
 		 555 aa  543  1e-153  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214237  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1281  CRISPR-associated protein, Cse1 family  55.19 
 
 		 573 aa  499  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  36.99 
 
 		 922 aa  427  1e-118  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  32.09 
 
 		 948 aa  421  1e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36.07 
 
 		 962 aa  410  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  37.62 
 
 		 943 aa  405  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  34.93 
 
 		 944 aa  382  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2573  CRISPR-associated Cse1 family protein  45.36 
 
 		 560 aa  371  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155149 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  34.26 
 
 		 899 aa  323  1.9999999999999998e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  33.12 
 
 		 887 aa  319  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  33.29 
 
 		 905 aa  319  3e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3054  CRISPR-associated protein, Cse1 family  39.54 
 
 		 555 aa  317  9e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.044999  decreased coverage  0.000092711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.7 
 
 		 885 aa  309  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  34.17 
 
 		 854 aa  308  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  33.06 
 
 		 901 aa  300  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  34.96 
 
 		 929 aa  294  8e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  33 
 
 		 879 aa  289  2.9999999999999996e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  31 
 
 		 908 aa  288  5.999999999999999e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.08 
 
 		 971 aa  285  3.0000000000000004e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  33.76 
 
 		 919 aa  274  9e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  30.32 
 
 		 854 aa  268  8e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.77 
 
 		 892 aa  251  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  30.13 
 
 		 906 aa  251  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  30.24 
 
 		 832 aa  249  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  30.14 
 
 		 899 aa  249  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  32.6 
 
 		 933 aa  248  4.9999999999999997e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.79 
 
 		 944 aa  248  6e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  33.15 
 
 		 921 aa  242  4e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  32.78 
 
 		 927 aa  236  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  29.31 
 
 		 837 aa  226  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  30.79 
 
 		 912 aa  226  2e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  29.66 
 
 		 871 aa  225  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  31.26 
 
 		 904 aa  222  3.9999999999999997e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  30.47 
 
 		 912 aa  222  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  28.14 
 
 		 860 aa  220  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  29.3 
 
 		 899 aa  221  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0988  CRISPR-associated protein, Cse1 family  34.87 
 
 		 540 aa  219  5e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  28.78 
 
 		 899 aa  217  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.85 
 
 		 885 aa  216  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  30.11 
 
 		 907 aa  214  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  32.05 
 
 		 897 aa  210  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.87 
 
 		 897 aa  210  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  34.58 
 
 		 701 aa  207  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.32 
 
 		 860 aa  207  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.33 
 
 		 920 aa  204  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  33.17 
 
 		 892 aa  204  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  35.09 
 
 		 883 aa  202  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  27.18 
 
 		 908 aa  202  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  32.19 
 
 		 897 aa  202  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  28.48 
 
 		 887 aa  198  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  29.77 
 
 		 888 aa  197  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  27.55 
 
 		 887 aa  195  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  30.75 
 
 		 888 aa  195  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  29.99 
 
 		 888 aa  192  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17350  CRISPR-associated protein, Cse1 family  31.44 
 
 		 567 aa  191  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  30.2 
 
 		 915 aa  191  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  32.18 
 
 		 594 aa  184  9.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  26.3 
 
 		 823 aa  181  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0018  hypothetical protein  33.62 
 
 		 550 aa  179  3e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.830051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  33.59 
 
 		 868 aa  169  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  33.73 
 
 		 876 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  29.65 
 
 		 887 aa  164  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  31.94 
 
 		 881 aa  163  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  30.08 
 
 		 871 aa  154  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  30.15 
 
 		 737 aa  144  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.57 
 
 		 885 aa  142  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  35.08 
 
 		 456 aa  139  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  30.09 
 
 		 888 aa  138  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  30.42 
 
 		 763 aa  132  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0760  CRISPR system CASCADE complex protein CasA  23.24 
 
 		 556 aa  131  1.0000000000000001e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0334414 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2439  CRISPR-associated protein, Cse1 family  26.83 
 
 		 525 aa  127  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  29.16 
 
 		 857 aa  125  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  31.37 
 
 		 729 aa  119  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  27.49 
 
 		 778 aa  116  3e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.4 
 
 		 762 aa  108  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4093  CRISPR-associated protein, Cse1 family  27.37 
 
 		 518 aa  108  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  24.11 
 
 		 764 aa  103  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  25.94 
 
 		 744 aa  103  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  25.92 
 
 		 741 aa  103  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1896  CRISPR-associated protein, Cse1 family  25.83 
 
 		 533 aa  102  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.189081  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  26.75 
 
 		 750 aa  102  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2342  CRISPR-associated Cse1 family protein  28.49 
 
 		 506 aa  100  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  30.69 
 
 		 795 aa  100  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  30.61 
 
 		 779 aa  100  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  28.95 
 
 		 781 aa  100  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  24.33 
 
 		 726 aa  95.1  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  24.02 
 
 		 741 aa  95.1  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2825  CRISPR-associated Cse1 family protein  27.99 
 
 		 517 aa  94.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.66 
 
 		 750 aa  94.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  26.51 
 
 		 827 aa  92.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2630  CRISPR-associated Cse1 family protein  29.46 
 
 		 573 aa  92.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  29.16 
 
 		 783 aa  91.3  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>