87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3751 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3751  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
154 aa  307  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.925886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1721  thioesterase superfamily protein  89.61 
 
 
154 aa  273  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.462617  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4386  thioesterase superfamily protein  77.85 
 
 
153 aa  240  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.126093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5460  putative thioesterase superfamily protein  73.29 
 
 
146 aa  211  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.303228 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3552  phenylacetic acid degradation-like protein  46.21 
 
 
138 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3433  phenylacetic acid degradation-related protein  43.51 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0027  thioesterase superfamily protein  43.97 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0121  hypothetical protein  43.17 
 
 
134 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2521  phenylacetic acid degradation-related protein  45.32 
 
 
134 aa  107  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0358111  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3150  thioesterase superfamily protein  45.32 
 
 
134 aa  107  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.178873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3134  hypothetical protein  45.32 
 
 
134 aa  107  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.508903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0135  hypothetical protein  43.17 
 
 
134 aa  107  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0339  thioesterase family protein  43.17 
 
 
134 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0149  thioesterase family protein  43.17 
 
 
134 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0141  thioesterase family protein  43.17 
 
 
134 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.608917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6485  phenylacetic acid degradation-related protein  45.32 
 
 
153 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643148  normal  0.874167 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2344  thioesterase family protein  43.38 
 
 
126 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125057  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2815  thioesterase family protein  43.38 
 
 
126 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.69052  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2267  hypothetical protein  43.38 
 
 
126 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266951  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3189  hypothetical protein  43.17 
 
 
134 aa  103  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000585851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3072  thioesterase superfamily protein  43.17 
 
 
134 aa  103  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.585462 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3131  thioesterase superfamily protein  44.2 
 
 
153 aa  103  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00791508  hitchhiker  0.00397515 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0301  thioesterase superfamily protein  41.91 
 
 
134 aa  100  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.107347  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1959  thioesterase superfamily protein  46.62 
 
 
139 aa  99.8  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4425  phenylacetic acid degradation-related protein  40.44 
 
 
134 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.064517  normal  0.466839 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1023  thioesterase superfamily protein  43.51 
 
 
154 aa  96.3  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.42478  normal  0.0264332 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1922  phenylacetic acid degradation-related protein  39.72 
 
 
134 aa  87  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3153  phenylacetic acid degradation-related protein  40.78 
 
 
140 aa  73.6  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.625413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2695  phenylacetic acid degradation-like protein  40.95 
 
 
143 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0513713  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2670  phenylacetic acid degradation-like protein  41 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3105  thioesterase superfamily protein  41 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886313  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2706  phenylacetic acid degradation-like protein  40 
 
 
142 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593217  normal  0.495042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4593  putative thioesterase family protein  39 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2456  phenylacetic acid degradation-related protein  39 
 
 
142 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.25854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2936  thioesterase superfamily protein  36.19 
 
 
145 aa  67.4  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1005  hypothetical protein  36.26 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10950  hypothetical protein  36.26 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2968  hypothetical protein  34.65 
 
 
140 aa  57  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00559031  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4551  hypothetical protein  30.77 
 
 
135 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.442079  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2529  phenylacetic acid degradation-related protein  34.34 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.692969 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1717  hypothetical protein  33.02 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.350886 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2429  phenylacetic acid degradation-related protein  33 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00959832  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4342  thioesterase superfamily protein  29.7 
 
 
169 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.331448  normal  0.342452 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3094  thioesterase family protein  30.77 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51890  hypothetical protein  29.23 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1259  thioesterase superfamily protein  28.46 
 
 
137 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000497987  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1898  thioesterase superfamily protein  28.57 
 
 
136 aa  52  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1390  phenylacetic acid degradation-related protein  32.35 
 
 
140 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  35.35 
 
 
135 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  35.35 
 
 
135 aa  50.8  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01921  possible thioesterase protein  32.97 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3529  hypothetical protein  34.12 
 
 
141 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3834  hypothetical protein  34.12 
 
 
141 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2942  thioesterase superfamily protein  31 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0555225  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2128  hypothetical protein  31.82 
 
 
141 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102324  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3817  hypothetical protein  32.94 
 
 
141 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0851  thioesterase protein  32.69 
 
 
137 aa  47.4  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.501233 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0829  hypothetical protein  31.33 
 
 
138 aa  47.4  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2763  thioesterase superfamily protein  31.73 
 
 
143 aa  47  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531618  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3091  hypothetical protein  37.25 
 
 
158 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.768762  hitchhiker  0.00083332 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1603  putative thioesterase superfamily protein  28 
 
 
140 aa  46.6  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322772  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0071  thioesterase superfamily protein  26.36 
 
 
146 aa  46.6  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  30.39 
 
 
153 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0207  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
160 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4613  thioesterase superfamily protein  32.67 
 
 
145 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0100  hypothetical protein  33.94 
 
 
155 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420751  normal  0.431878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1689  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0117  thioesterase superfamily protein  34.86 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0075  thioesterase superfamily protein  32.95 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2142  hypothetical protein  32.05 
 
 
138 aa  44.7  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0147  thioesterase superfamily protein  32.67 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  29.89 
 
 
149 aa  43.5  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2322  thioesterase superfamily protein  28 
 
 
140 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  24.26 
 
 
126 aa  43.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1283  thioesterase superfamily protein  27.87 
 
 
147 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  27.72 
 
 
156 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0905  thioesterase superfamily protein  32.22 
 
 
137 aa  42.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0863  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
147 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.317562  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2542  thioesterase superfamily protein  31.58 
 
 
146 aa  42.4  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1848  phenylacetic acid degradation-related protein  22.95 
 
 
128 aa  42  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2713  thioesterase superfamily protein  31.68 
 
 
143 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.750525 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2490  thioesterase superfamily protein  31.68 
 
 
149 aa  41.6  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3960  thioesterase superfamily protein  29.7 
 
 
142 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0933744 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5730  thioesterase superfamily protein  24.34 
 
 
152 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2923  thioesterase superfamily protein  34 
 
 
147 aa  40.8  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0905  phenylacetic acid degradation-related protein  28.24 
 
 
167 aa  40.4  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.503626  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5263  thioesterase superfamily protein  27.03 
 
 
158 aa  40.4  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>