110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0863 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0863  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
147 aa  297  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.317562  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  63.38 
 
 
156 aa  184  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0788  hypothetical protein  62.86 
 
 
148 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.456543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0792  hypothetical protein  62.86 
 
 
148 aa  158  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.310426  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2418  thioesterase superfamily protein  57.45 
 
 
143 aa  155  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2490  thioesterase superfamily protein  56.03 
 
 
149 aa  152  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4342  thioesterase superfamily protein  55.07 
 
 
169 aa  151  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.331448  normal  0.342452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2713  thioesterase superfamily protein  56.03 
 
 
143 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.750525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3960  thioesterase superfamily protein  56.52 
 
 
142 aa  146  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0933744 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2936  thioesterase superfamily protein  50.7 
 
 
145 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119328 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0960  hypothetical protein  53.49 
 
 
147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.475825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4613  thioesterase superfamily protein  52.41 
 
 
145 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2706  phenylacetic acid degradation-like protein  51.47 
 
 
142 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593217  normal  0.495042 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2456  phenylacetic acid degradation-related protein  50 
 
 
142 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.25854  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4593  putative thioesterase family protein  51.47 
 
 
142 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2670  phenylacetic acid degradation-like protein  50 
 
 
142 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3105  thioesterase superfamily protein  50 
 
 
142 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886313  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3817  hypothetical protein  50.36 
 
 
141 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2968  hypothetical protein  49.64 
 
 
140 aa  126  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00559031  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2695  phenylacetic acid degradation-like protein  49.26 
 
 
143 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0513713  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0147  thioesterase superfamily protein  50 
 
 
145 aa  121  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1390  phenylacetic acid degradation-related protein  46.15 
 
 
140 aa  121  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3834  hypothetical protein  52.71 
 
 
141 aa  120  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3529  hypothetical protein  52.71 
 
 
141 aa  120  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1603  putative thioesterase superfamily protein  49.24 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322772  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2128  hypothetical protein  47.1 
 
 
141 aa  118  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102324  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2429  phenylacetic acid degradation-related protein  47.1 
 
 
135 aa  116  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00959832  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5730  thioesterase superfamily protein  45.77 
 
 
152 aa  115  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01921  possible thioesterase protein  47.79 
 
 
151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0851  thioesterase protein  45.32 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.501233 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1283  thioesterase superfamily protein  42.96 
 
 
147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1717  hypothetical protein  47.86 
 
 
138 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.350886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10950  hypothetical protein  44.78 
 
 
138 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2763  thioesterase superfamily protein  42.42 
 
 
143 aa  107  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531618  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1005  hypothetical protein  44.03 
 
 
138 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3094  thioesterase family protein  40.71 
 
 
139 aa  104  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3153  phenylacetic acid degradation-related protein  43.26 
 
 
140 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.625413  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0905  thioesterase superfamily protein  46.76 
 
 
137 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4551  hypothetical protein  47.57 
 
 
135 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.442079  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51890  hypothetical protein  45.22 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1259  thioesterase superfamily protein  45.83 
 
 
137 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000497987  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0075  thioesterase superfamily protein  43.24 
 
 
150 aa  85.9  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  33.03 
 
 
126 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0259  thioesterase superfamily protein  32.71 
 
 
127 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0417861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0269  thioesterase superfamily protein  30.16 
 
 
127 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357233  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3656  thioesterase superfamily protein  32.14 
 
 
127 aa  57  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0447076  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2211  thioesterase superfamily protein  25.36 
 
 
150 aa  56.2  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2334  phenylacetic acid degradation-related protein  32.74 
 
 
148 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.788653  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4968  thioesterase superfamily protein  32.71 
 
 
127 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0244  thioesterase superfamily protein  31.78 
 
 
127 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.270075  hitchhiker  0.00712451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68720  hypothetical protein  33.33 
 
 
129 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0301  thioesterase superfamily protein  33.01 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.107347  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  32.03 
 
 
170 aa  54.7  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4425  phenylacetic acid degradation-related protein  33.01 
 
 
134 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.064517  normal  0.466839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  36.36 
 
 
148 aa  54.3  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5946  hypothetical protein  33.33 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  29.41 
 
 
193 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1922  phenylacetic acid degradation-related protein  34.07 
 
 
134 aa  51.2  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  31.07 
 
 
149 aa  50.4  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3131  thioesterase superfamily protein  29.52 
 
 
153 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00791508  hitchhiker  0.00397515 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3189  hypothetical protein  29.52 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000585851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3072  thioesterase superfamily protein  29.52 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.585462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0326  hypothetical protein  32.29 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0256  phenylacetic acid degradation-related protein  32.29 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0258  phenylacetic acid degradation-like protein  28.97 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6485  phenylacetic acid degradation-related protein  30 
 
 
153 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643148  normal  0.874167 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2521  phenylacetic acid degradation-related protein  29.52 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0358111  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3134  hypothetical protein  29.52 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.508903  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3150  thioesterase superfamily protein  29.52 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.178873 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0027  thioesterase superfamily protein  31.37 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  30.77 
 
 
135 aa  48.9  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1093  phenylacetic acid degradation-related protein  30.91 
 
 
132 aa  48.9  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0697  thioesterase superfamily protein  27.01 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  30.77 
 
 
135 aa  48.9  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  31.85 
 
 
185 aa  47.8  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3458  phenylacetic acid degradation-related protein  31.53 
 
 
145 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.887752  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1555  phenylacetic acid degradation-related protein  31.31 
 
 
135 aa  47.4  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000594632  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0135  hypothetical protein  28 
 
 
134 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0339  thioesterase family protein  28 
 
 
134 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0141  thioesterase family protein  28 
 
 
134 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.608917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0149  thioesterase family protein  28 
 
 
134 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2815  thioesterase family protein  28 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.69052  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2267  hypothetical protein  28 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266951  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2344  thioesterase family protein  28 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125057  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0121  hypothetical protein  28 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  28.71 
 
 
153 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0759  thioesterase superfamily protein  28.79 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000728141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  27.43 
 
 
209 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06200  hypothetical protein  34.31 
 
 
134 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0140173 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1354  hypothetical protein  26.62 
 
 
138 aa  45.4  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  30.33 
 
 
204 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3433  phenylacetic acid degradation-related protein  28.68 
 
 
141 aa  43.9  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  25 
 
 
182 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  26.23 
 
 
182 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1737  thioesterase superfamily protein  29.52 
 
 
131 aa  43.5  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000190297  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  20.91 
 
 
142 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0580  hypothetical protein  33.33 
 
 
124 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1169  thioesterase superfamily protein  28.83 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0798607  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3751  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.925886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1721  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.462617  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>