80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1390 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1390  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 
140 aa  281  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2968  hypothetical protein  61.43 
 
 
140 aa  186  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00559031  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2429  phenylacetic acid degradation-related protein  65.91 
 
 
135 aa  184  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00959832  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1603  putative thioesterase superfamily protein  60.14 
 
 
140 aa  176  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322772  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3817  hypothetical protein  58.57 
 
 
141 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3529  hypothetical protein  61.29 
 
 
141 aa  151  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3834  hypothetical protein  61.29 
 
 
141 aa  151  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2936  thioesterase superfamily protein  54.48 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119328 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2128  hypothetical protein  50 
 
 
141 aa  137  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102324  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  52.94 
 
 
156 aa  137  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0960  hypothetical protein  46.38 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.475825 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1717  hypothetical protein  45.8 
 
 
138 aa  124  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.350886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0147  thioesterase superfamily protein  52.86 
 
 
145 aa  124  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4613  thioesterase superfamily protein  53.52 
 
 
145 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3153  phenylacetic acid degradation-related protein  45.31 
 
 
140 aa  122  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.625413  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0863  thioesterase superfamily protein  46.15 
 
 
147 aa  121  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.317562  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2713  thioesterase superfamily protein  49.3 
 
 
143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.750525 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2490  thioesterase superfamily protein  49.3 
 
 
149 aa  117  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2418  thioesterase superfamily protein  49.3 
 
 
143 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10950  hypothetical protein  42.42 
 
 
138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3094  thioesterase family protein  42.65 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1005  hypothetical protein  42.42 
 
 
138 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4593  putative thioesterase family protein  46.56 
 
 
142 aa  114  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01921  possible thioesterase protein  41.67 
 
 
151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2695  phenylacetic acid degradation-like protein  46.92 
 
 
143 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0513713  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0792  hypothetical protein  51.47 
 
 
148 aa  114  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.310426  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0788  hypothetical protein  51.47 
 
 
148 aa  113  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.456543  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2670  phenylacetic acid degradation-like protein  46.15 
 
 
142 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3105  thioesterase superfamily protein  46.15 
 
 
142 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4342  thioesterase superfamily protein  46.56 
 
 
169 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.331448  normal  0.342452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2456  phenylacetic acid degradation-related protein  47.33 
 
 
142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.25854  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5730  thioesterase superfamily protein  47.33 
 
 
152 aa  110  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2706  phenylacetic acid degradation-like protein  46.83 
 
 
142 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593217  normal  0.495042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3960  thioesterase superfamily protein  48.46 
 
 
142 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0933744 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0851  thioesterase protein  38.06 
 
 
137 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.501233 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1283  thioesterase superfamily protein  37.04 
 
 
147 aa  99.4  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2763  thioesterase superfamily protein  39.42 
 
 
143 aa  97.1  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531618  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0905  thioesterase superfamily protein  39.55 
 
 
137 aa  97.1  7e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1259  thioesterase superfamily protein  42.61 
 
 
137 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000497987  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0075  thioesterase superfamily protein  38.94 
 
 
150 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51890  hypothetical protein  39.13 
 
 
135 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4551  hypothetical protein  39.13 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.442079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5460  putative thioesterase superfamily protein  35 
 
 
146 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.303228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4386  thioesterase superfamily protein  30.39 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.126093  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3751  thioesterase superfamily protein  32.35 
 
 
154 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.925886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1721  thioesterase superfamily protein  32.35 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.462617  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  28.18 
 
 
126 aa  50.4  0.000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0135  hypothetical protein  31.48 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3189  hypothetical protein  30.56 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000585851  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04930  hypothetical protein  28.57 
 
 
145 aa  48.9  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3072  thioesterase superfamily protein  30.56 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.585462 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0141  thioesterase family protein  31.48 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.608917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0149  thioesterase family protein  31.48 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0339  thioesterase family protein  31.48 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6485  phenylacetic acid degradation-related protein  30.56 
 
 
153 aa  48.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643148  normal  0.874167 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2267  hypothetical protein  31.48 
 
 
126 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266951  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2815  thioesterase family protein  31.48 
 
 
126 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.69052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2344  thioesterase family protein  31.48 
 
 
126 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125057  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3150  thioesterase superfamily protein  30.56 
 
 
134 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.178873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3131  thioesterase superfamily protein  30.56 
 
 
153 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00791508  hitchhiker  0.00397515 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2521  phenylacetic acid degradation-related protein  30.56 
 
 
134 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0358111  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3134  hypothetical protein  30.56 
 
 
134 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.508903  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0301  thioesterase superfamily protein  34.41 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.107347  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3433  phenylacetic acid degradation-related protein  34.09 
 
 
141 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0121  hypothetical protein  31.48 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4425  phenylacetic acid degradation-related protein  34.41 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.064517  normal  0.466839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0027  thioesterase superfamily protein  31.68 
 
 
134 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1922  phenylacetic acid degradation-related protein  32 
 
 
134 aa  45.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3552  phenylacetic acid degradation-like protein  28.47 
 
 
138 aa  45.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0301  hypothetical protein  28.83 
 
 
126 aa  43.5  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  30.1 
 
 
135 aa  43.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  30.1 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  26.44 
 
 
142 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1848  phenylacetic acid degradation-related protein  28.57 
 
 
128 aa  42.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0273  thioesterase superfamily protein  29.17 
 
 
116 aa  42.7  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0676249  normal  0.122372 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1553  phenylacetic acid degradation-related protein  25.27 
 
 
140 aa  42  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1555  phenylacetic acid degradation-related protein  32.43 
 
 
135 aa  41.2  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000594632  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1023  thioesterase superfamily protein  34.15 
 
 
154 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.42478  normal  0.0264332 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1093  phenylacetic acid degradation-related protein  27.1 
 
 
132 aa  40.4  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  32.61 
 
 
151 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>