81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1259 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1259  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
137 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000497987  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51890  hypothetical protein  77.04 
 
 
135 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4551  hypothetical protein  77.04 
 
 
135 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.442079  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2456  phenylacetic acid degradation-related protein  48.53 
 
 
142 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.25854  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2706  phenylacetic acid degradation-like protein  48.18 
 
 
142 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593217  normal  0.495042 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2670  phenylacetic acid degradation-like protein  45.26 
 
 
142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3105  thioesterase superfamily protein  46.62 
 
 
142 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886313  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2695  phenylacetic acid degradation-like protein  47.37 
 
 
143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0513713  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2936  thioesterase superfamily protein  47.32 
 
 
145 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4593  putative thioesterase family protein  45.99 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5730  thioesterase superfamily protein  43.8 
 
 
152 aa  100  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  53.26 
 
 
156 aa  99.8  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4342  thioesterase superfamily protein  52.17 
 
 
169 aa  97.1  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.331448  normal  0.342452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2713  thioesterase superfamily protein  53 
 
 
143 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.750525 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2490  thioesterase superfamily protein  53 
 
 
149 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01921  possible thioesterase protein  52.17 
 
 
151 aa  94.7  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3094  thioesterase family protein  39.69 
 
 
139 aa  94.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2418  thioesterase superfamily protein  52 
 
 
143 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4613  thioesterase superfamily protein  55 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0147  thioesterase superfamily protein  53 
 
 
145 aa  92  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0960  hypothetical protein  48.42 
 
 
147 aa  92  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.475825 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2128  hypothetical protein  53.76 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102324  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1717  hypothetical protein  39.55 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.350886 
 
 
-
 
NC_004310  BR0792  hypothetical protein  42.54 
 
 
148 aa  91.3  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.310426  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2968  hypothetical protein  45.22 
 
 
140 aa  90.9  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00559031  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0788  hypothetical protein  42.54 
 
 
148 aa  90.9  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.456543  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1603  putative thioesterase superfamily protein  44.35 
 
 
140 aa  90.5  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322772  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0863  thioesterase superfamily protein  45.83 
 
 
147 aa  90.1  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.317562  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3960  thioesterase superfamily protein  45.26 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0933744 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10950  hypothetical protein  50.54 
 
 
138 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0851  thioesterase protein  50 
 
 
137 aa  89  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.501233 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1390  phenylacetic acid degradation-related protein  42.61 
 
 
140 aa  87.8  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1005  hypothetical protein  49.46 
 
 
138 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3529  hypothetical protein  46.53 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3834  hypothetical protein  46.53 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0075  thioesterase superfamily protein  46.94 
 
 
150 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3153  phenylacetic acid degradation-related protein  49.46 
 
 
140 aa  84.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.625413  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3817  hypothetical protein  45.54 
 
 
141 aa  84  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1283  thioesterase superfamily protein  45.63 
 
 
147 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0905  thioesterase superfamily protein  49.46 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2763  thioesterase superfamily protein  47.87 
 
 
143 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531618  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2429  phenylacetic acid degradation-related protein  35.56 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00959832  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0301  thioesterase superfamily protein  35.66 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.107347  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4425  phenylacetic acid degradation-related protein  35.66 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.064517  normal  0.466839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0027  thioesterase superfamily protein  33.85 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2815  thioesterase family protein  31.93 
 
 
126 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.69052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2344  thioesterase family protein  31.93 
 
 
126 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125057  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0121  hypothetical protein  32.77 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2267  hypothetical protein  31.93 
 
 
126 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266951  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0149  thioesterase family protein  31.93 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3131  thioesterase superfamily protein  31.93 
 
 
153 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00791508  hitchhiker  0.00397515 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3552  phenylacetic acid degradation-like protein  34.11 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0339  thioesterase family protein  31.93 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0141  thioesterase family protein  31.93 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.608917  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0135  hypothetical protein  31.93 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3433  phenylacetic acid degradation-related protein  34.11 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6485  phenylacetic acid degradation-related protein  32.71 
 
 
153 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643148  normal  0.874167 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3134  hypothetical protein  33.33 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.508903  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2521  phenylacetic acid degradation-related protein  33.33 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0358111  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3150  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.178873 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3189  hypothetical protein  33.33 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000585851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3072  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.585462 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  30.83 
 
 
126 aa  57.4  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1582  phenylacetic acid degradation-like protein  33.61 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000511967  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4386  thioesterase superfamily protein  31.65 
 
 
153 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.126093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5460  putative thioesterase superfamily protein  34.91 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.303228 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3751  thioesterase superfamily protein  28.46 
 
 
154 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.925886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1721  thioesterase superfamily protein  32.38 
 
 
154 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.462617  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1922  phenylacetic acid degradation-related protein  29.17 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2401  phenylacetic acid degradation-related protein  34.45 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.203664  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2211  thioesterase superfamily protein  30.6 
 
 
150 aa  47.4  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0264  thioesterase superfamily protein  27.13 
 
 
142 aa  45.4  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0140955  normal  0.333225 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2647  phenylacetic acid degradation-related protein  26.15 
 
 
138 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1023  thioesterase superfamily protein  28.3 
 
 
154 aa  44.3  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.42478  normal  0.0264332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  32.65 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0256  phenylacetic acid degradation-related protein  29.63 
 
 
127 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0301  hypothetical protein  30.93 
 
 
126 aa  41.2  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5230  thioesterase superfamily protein  34.02 
 
 
157 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317352  normal  0.57709 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  26.02 
 
 
135 aa  40.8  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0879  hypothetical protein  24.79 
 
 
155 aa  40.8  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  26.02 
 
 
135 aa  40.4  0.009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>