More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3305 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 		 209 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  77.51 
 
 		 191 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  57.42 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  40.38 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  40.69 
 
 		 174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  39.41 
 
 		 176 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  42.04 
 
 		 183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  38.82 
 
 		 176 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  39.13 
 
 		 191 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  38.82 
 
 		 176 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  40.69 
 
 		 232 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  38.61 
 
 		 181 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  35.85 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  42.22 
 
 		 158 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  42.22 
 
 		 169 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  36.77 
 
 		 170 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  41.38 
 
 		 187 aa  108  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2612  thioesterase superfamily protein  38.85 
 
 		 164 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000610036  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5549  hypothetical protein  40.14 
 
 		 179 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  41.3 
 
 		 159 aa  106  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  40 
 
 		 169 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63860  hypothetical protein  41.48 
 
 		 179 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  41.41 
 
 		 139 aa  102  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  41.35 
 
 		 193 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  35.98 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  38.06 
 
 		 156 aa  99  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  40.6 
 
 		 182 aa  98.6  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  36.76 
 
 		 146 aa  95.1  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1102  thioesterase superfamily protein  38.1 
 
 		 189 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.218192  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  34.9 
 
 		 161 aa  94  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  39.1 
 
 		 182 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  39.1 
 
 		 204 aa  92  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  36.09 
 
 		 182 aa  91.3  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1025  phenylacetic acid degradation-related protein  38.3 
 
 		 167 aa  90.9  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.61355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1701  phenylacetic acid degradation-related protein  38.69 
 
 		 160 aa  89  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0708243  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2083  hypothetical protein  40.56 
 
 		 155 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.760397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  34.46 
 
 		 153 aa  85.5  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  36.03 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  35.82 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  35.82 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  35.82 
 
 		 146 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  32.87 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3308  hypothetical protein  32.65 
 
 		 147 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  35.07 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  37.12 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  36.03 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1993  hypothetical protein  33.57 
 
 		 158 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.762043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0703  hypothetical protein  35.25 
 
 		 158 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2491  hypothetical protein  38.24 
 
 		 145 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.554624  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  36.07 
 
 		 161 aa  76.3  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  36.03 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1510  hypothetical protein  34.33 
 
 		 145 aa  74.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382765  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  34.33 
 
 		 144 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  32.84 
 
 		 142 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  36.03 
 
 		 145 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  36.03 
 
 		 145 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1483  hypothetical protein  36.03 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  33.58 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  36.03 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1855  thioesterase superfamily protein  32.35 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0365  hypothetical protein  39.71 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2002  thioesterase family protein  39.71 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1708  hypothetical protein  39.71 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.361715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0796  thioesterase family protein  39.71 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1848  thioesterase family protein  39.71 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1835  thioesterase family protein  39.71 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1223  hypothetical protein  38.97 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928128  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1483  thioesterase superfamily protein  31.82 
 
 		 144 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0188667  normal  0.0358059 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1442  thioesterase superfamily protein  31.82 
 
 		 144 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.319337  normal  0.023791 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3607  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 		 155 aa  67  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0168522  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0009  thioesterase superfamily protein  37.39 
 
 		 161 aa  67  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.239362  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  34.96 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  34.96 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1764  hypothetical protein  31.06 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101105  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3361  thioesterase superfamily protein  31.97 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1001  thioesterase superfamily protein  34 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  32.2 
 
 		 151 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  30.43 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  41.9 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2242  phenylacetic acid degradation-related protein  34.38 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298496  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1696  hypothetical protein  28.24 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2942  thioesterase superfamily protein  31.88 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0555225  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2007  thioesterase superfamily protein  28.24 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100535  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2872  hypothetical protein  28.36 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.791142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3214  phenylacetic acid degradation-related protein  34.31 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.590302  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3284  hypothetical protein  34.48 
 
 		 145 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1864  thioesterase superfamily protein  34.65 
 
 		 161 aa  62  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.236393 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3222  phenylacetic acid degradation-related protein  34.48 
 
 		 145 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.663153  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3233  hypothetical protein  34.48 
 
 		 145 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.245509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  27.05 
 
 		 126 aa  62  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  30.7 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2901  thioesterase superfamily protein  34.75 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0460  thioesterase superfamily protein  30.17 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000488962  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0470  thioesterase superfamily protein  30 
 
 		 161 aa  60.8  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.61831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2253  phenylacetic acid degradation-related protein  35.96 
 
 		 147 aa  61.2  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.9321e-16  hitchhiker  0.00000000000000125506 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1432  thioesterase superfamily protein  37.5 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0167  phenylacetic acid degradation-like protein  29.17 
 
 		 144 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5199  phenylacetic acid degradation-related protein  29.92 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>