253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1696 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 
193 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  75.72 
 
 
204 aa  279  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  68.16 
 
 
182 aa  266  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  70.11 
 
 
182 aa  266  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  64.29 
 
 
182 aa  237  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  62.43 
 
 
185 aa  234  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  53.25 
 
 
187 aa  192  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  51.15 
 
 
189 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  62.69 
 
 
139 aa  180  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1102  thioesterase superfamily protein  50.84 
 
 
189 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.218192  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5549  hypothetical protein  49.72 
 
 
179 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63860  hypothetical protein  48.57 
 
 
179 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  50.68 
 
 
158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2083  hypothetical protein  53.79 
 
 
155 aa  151  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.760397  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  44.37 
 
 
169 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  46.3 
 
 
169 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  48.94 
 
 
184 aa  142  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  48.59 
 
 
176 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  44.52 
 
 
161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1701  phenylacetic acid degradation-related protein  46.62 
 
 
160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0708243  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  44.31 
 
 
183 aa  134  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  43.71 
 
 
170 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  46.04 
 
 
156 aa  128  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3308  hypothetical protein  42.28 
 
 
147 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1025  phenylacetic acid degradation-related protein  45.14 
 
 
167 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.61355  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  45.99 
 
 
146 aa  124  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  45.26 
 
 
181 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1510  hypothetical protein  42.34 
 
 
145 aa  122  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382765  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1993  hypothetical protein  44.14 
 
 
158 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.762043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0703  hypothetical protein  44.14 
 
 
158 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  43.48 
 
 
176 aa  119  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  43.48 
 
 
176 aa  119  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  43.07 
 
 
144 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  43.07 
 
 
144 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  44.29 
 
 
159 aa  117  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  43.07 
 
 
144 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  43.07 
 
 
144 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  46.97 
 
 
148 aa  114  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  40.15 
 
 
142 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  41.43 
 
 
191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  41.91 
 
 
144 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  41.91 
 
 
144 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  42.65 
 
 
145 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  41.18 
 
 
145 aa  104  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  41.18 
 
 
145 aa  104  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  41.18 
 
 
145 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2491  hypothetical protein  42.65 
 
 
145 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.554624  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  39.86 
 
 
191 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  41.18 
 
 
145 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  39.29 
 
 
225 aa  102  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  41.35 
 
 
209 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1483  hypothetical protein  41.18 
 
 
165 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  41.18 
 
 
145 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  43.2 
 
 
174 aa  101  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  36.88 
 
 
146 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  39.47 
 
 
165 aa  94.4  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2002  thioesterase family protein  43.38 
 
 
145 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  40.5 
 
 
179 aa  94  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0796  thioesterase family protein  43.38 
 
 
145 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1848  thioesterase family protein  43.38 
 
 
145 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0365  hypothetical protein  43.38 
 
 
145 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1708  hypothetical protein  43.38 
 
 
145 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.361715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1223  hypothetical protein  43.7 
 
 
145 aa  93.2  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928128  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1835  thioesterase family protein  42.65 
 
 
145 aa  92.4  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2612  thioesterase superfamily protein  41.18 
 
 
164 aa  85.5  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000610036  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  32.62 
 
 
232 aa  85.5  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3389  hypothetical protein  42.42 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147102  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  39.13 
 
 
161 aa  76.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  34.06 
 
 
135 aa  69.3  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  34.06 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2253  phenylacetic acid degradation-related protein  36.28 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.9321e-16  hitchhiker  0.00000000000000125506 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  28.15 
 
 
153 aa  68.2  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1864  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 
161 aa  67  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.236393 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1855  thioesterase superfamily protein  33.86 
 
 
154 aa  66.2  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3607  thioesterase superfamily protein  32.35 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0168522  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0152  thioesterase superfamily protein  34.31 
 
 
134 aa  63.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.149179  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2334  phenylacetic acid degradation-related protein  36.61 
 
 
148 aa  63.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.788653  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  29.17 
 
 
161 aa  62.8  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  32.03 
 
 
142 aa  62.8  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  32.5 
 
 
151 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1169  thioesterase superfamily protein  33.62 
 
 
139 aa  62  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0798607  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3656  thioesterase superfamily protein  42.7 
 
 
127 aa  61.6  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0447076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2844  thioesterase superfamily protein  33.82 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2322  thioesterase superfamily protein  32.54 
 
 
140 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2872  hypothetical protein  31.75 
 
 
137 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.791142  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  34.09 
 
 
140 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4446  thioesterase superfamily protein  29.46 
 
 
160 aa  57.8  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3898  thioesterase superfamily protein  32.48 
 
 
135 aa  56.6  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4877  thioesterase superfamily protein  32.14 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3983  thioesterase superfamily protein  32.48 
 
 
135 aa  55.5  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000686443 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2901  thioesterase superfamily protein  32.5 
 
 
181 aa  55.1  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3361  thioesterase superfamily protein  33.05 
 
 
148 aa  55.1  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2494  thioesterase superfamily protein  30.99 
 
 
156 aa  55.1  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.721118  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1780  hypothetical protein  32.5 
 
 
176 aa  54.3  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.371406 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0284  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
142 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.719156  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  28.93 
 
 
149 aa  53.9  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3519  thioesterase superfamily protein  37 
 
 
149 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.768855  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2936  thioesterase superfamily protein  31.08 
 
 
145 aa  53.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119328 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0829  hypothetical protein  30.58 
 
 
138 aa  53.1  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2725  hypothetical protein  33.06 
 
 
139 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227309  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>