More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3898 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3898  thioesterase superfamily protein  100 
 
 		 135 aa  273  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3983  thioesterase superfamily protein  94.81 
 
 		 135 aa  264  2.9999999999999995e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000686443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0130  thioesterase superfamily protein  64.34 
 
 		 133 aa  180  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  36.15 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  37.76 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0658  phenylacetic acid degradation protein PaaD  31.73 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  33.62 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0152  thioesterase superfamily protein  35.71 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.149179  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  34.48 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2334  phenylacetic acid degradation-related protein  33.05 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.788653  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  35.9 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  31.67 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  41.11 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  27.73 
 
 		 146 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  31.67 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  31.67 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  34.45 
 
 		 139 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  33.9 
 
 		 232 aa  57  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  31.67 
 
 		 182 aa  57  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1143  hypothetical protein  35.11 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00674894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  31.67 
 
 		 144 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  31.67 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1864  thioesterase superfamily protein  28.45 
 
 		 161 aa  57  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.236393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  32.48 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0569  phenylacetic acid degradation protein PaaD  33.02 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  29.82 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2101  thioesterase superfamily protein  32.84 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2901  thioesterase superfamily protein  34.68 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  31.85 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  31.03 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0009  thioesterase superfamily protein  32.76 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.239362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1169  thioesterase superfamily protein  26.92 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0798607  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0286  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1949  hypothetical protein  33.33 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.0384991 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4800  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.41 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.283675  normal  0.204675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  26.09 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4446  thioesterase superfamily protein  30.97 
 
 		 160 aa  53.5  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1660  phenylacetic acid degradation protein PaaD  34.48 
 
 		 164 aa  53.5  0.0000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.388826  normal  0.270829 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0985  phenylacetic acid degradation protein  32.71 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.594777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2612  thioesterase superfamily protein  35.06 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000610036  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3080  phenylacetic acid degradation protein PaaD  31.13 
 
 		 146 aa  52.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2942  thioesterase superfamily protein  36.73 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0555225  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0021  thioesterase superfamily protein  32.2 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1545  thioesterase superfamily protein  28.44 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000739832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  35.56 
 
 		 183 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  36.44 
 
 		 187 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  28.57 
 
 		 145 aa  52  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0478  phenylacetic acid degradation protein PaaD  35.51 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1469  hypothetical protein  28.81 
 
 		 127 aa  51.6  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00236791  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0357  thioesterase superfamily protein  30.33 
 
 		 128 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3202  thioesterase superfamily protein  28.91 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0875  hypothetical protein  33.63 
 
 		 177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1866  hypothetical protein  33.63 
 
 		 177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.698964  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3943  phenylacetic acid degradation protein PaaD  32.74 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.545833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5525  phenylacetic acid degradation protein PaaD  35.19 
 
 		 148 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717257  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1162  hypothetical protein  33.63 
 
 		 177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0843  thioesterase superfamily protein  31.4 
 
 		 144 aa  50.8  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.515116 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  32.56 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2185  hypothetical protein  32.77 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0292  hypothetical protein  33.63 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0301  hypothetical protein  31.13 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  29.66 
 
 		 170 aa  50.4  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1740  hypothetical protein  33.63 
 
 		 248 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0386  hypothetical protein  33.63 
 
 		 374 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1977  thioesterase superfamily protein  32.71 
 
 		 140 aa  50.4  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2249  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.25 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0320405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2874  phenylacetic acid degradation protein  32.74 
 
 		 155 aa  49.7  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00122895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1581  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.25 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  34.38 
 
 		 156 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2259  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.25 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.059519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1483  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.25 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  28.26 
 
 		 169 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2967  phenylacetic acid degradation-related protein  33.33 
 
 		 151 aa  49.7  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247323  normal  0.0252633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  34.78 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3610  phenylacetic acid degradation-related protein  31.73 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1384  thioesterase superfamily protein  28.3 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 		 176 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  29.91 
 
 		 158 aa  48.5  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05030  phenylacetic acid degradation protein  30.65 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0273  thioesterase superfamily protein  32.71 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0676249  normal  0.122372 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0067  thioesterase superfamily protein  28.89 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  33.7 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  31.52 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0386  thioesterase superfamily protein  28.7 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0937  phenylacetic acid degradation protein PaaD  29.23 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  34.78 
 
 		 189 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  30.77 
 
 		 204 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0467  phenylacetic acid degradation- related thioesterase (PaaI)  27.21 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  25.23 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3470  thioesterase superfamily protein  30.09 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.743787  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  31.52 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3395  thioesterase superfamily protein  30.09 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0892  thioesterase superfamily protein  30.09 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.915602  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1737  thioesterase superfamily protein  30.36 
 
 		 131 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000190297  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  31.52 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3593  thioesterase superfamily protein  30.09 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.741645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  31.52 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3942  hypothetical protein  30.36 
 
 		 145 aa  47.4  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  31.52 
 
 		 145 aa  47  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>