220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1285 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 
169 aa  347  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  72.02 
 
 
169 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  45.86 
 
 
187 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  44.37 
 
 
193 aa  148  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  50 
 
 
176 aa  148  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  49.64 
 
 
139 aa  147  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1102  thioesterase superfamily protein  46.45 
 
 
189 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.218192  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  47.26 
 
 
182 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  49.3 
 
 
184 aa  145  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  49.34 
 
 
156 aa  145  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  46.98 
 
 
158 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  43.71 
 
 
185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  43.05 
 
 
204 aa  138  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  38.75 
 
 
182 aa  137  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  42.04 
 
 
189 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  43.12 
 
 
176 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  43.12 
 
 
176 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  45.71 
 
 
183 aa  135  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  41.72 
 
 
182 aa  134  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5549  hypothetical protein  41.72 
 
 
179 aa  133  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  45.45 
 
 
181 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63860  hypothetical protein  40.67 
 
 
179 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  40.38 
 
 
170 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  38.26 
 
 
161 aa  114  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1701  phenylacetic acid degradation-related protein  42.76 
 
 
160 aa  114  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0708243  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  50 
 
 
146 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  42.86 
 
 
148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  42.22 
 
 
209 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  42.25 
 
 
225 aa  110  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  40 
 
 
159 aa  107  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  42.19 
 
 
174 aa  107  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  36.96 
 
 
144 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2083  hypothetical protein  39.04 
 
 
155 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.760397  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  36.96 
 
 
144 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  36.23 
 
 
144 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1025  phenylacetic acid degradation-related protein  39.29 
 
 
167 aa  105  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.61355  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3308  hypothetical protein  33.8 
 
 
147 aa  104  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  36.23 
 
 
144 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  37.32 
 
 
191 aa  103  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  40.28 
 
 
165 aa  103  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  38.13 
 
 
144 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  39.22 
 
 
191 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1993  hypothetical protein  37.06 
 
 
158 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.762043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0703  hypothetical protein  37.06 
 
 
158 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  37.41 
 
 
144 aa  101  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2491  hypothetical protein  36.23 
 
 
145 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.554624  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  36.23 
 
 
145 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  36.96 
 
 
145 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  36.96 
 
 
145 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  33.33 
 
 
146 aa  98.2  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  36.43 
 
 
232 aa  97.8  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1483  hypothetical protein  36.96 
 
 
165 aa  97.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  36.96 
 
 
145 aa  97.8  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  36.96 
 
 
145 aa  97.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  33.33 
 
 
142 aa  95.1  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  35.51 
 
 
145 aa  95.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2002  thioesterase family protein  37.68 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1708  hypothetical protein  37.68 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.361715  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0365  hypothetical protein  37.68 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1848  thioesterase family protein  37.68 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0796  thioesterase family protein  37.68 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1510  hypothetical protein  30.94 
 
 
145 aa  93.2  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382765  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1835  thioesterase family protein  37.68 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2612  thioesterase superfamily protein  41.73 
 
 
164 aa  93.2  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000610036  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1223  hypothetical protein  37.68 
 
 
145 aa  91.7  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928128  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  46.24 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3607  thioesterase superfamily protein  34.27 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0168522  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  33.59 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3389  hypothetical protein  38.14 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147102  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1864  thioesterase superfamily protein  38.71 
 
 
161 aa  70.1  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.236393 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  30.88 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  30.88 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  34.29 
 
 
151 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2872  hypothetical protein  40.62 
 
 
137 aa  61.2  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.791142  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  30.48 
 
 
161 aa  60.5  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  30.68 
 
 
142 aa  58.9  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2566  phenylacetic acid degradation-related protein  36.28 
 
 
149 aa  57.8  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.12442  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1093  phenylacetic acid degradation-related protein  35.05 
 
 
132 aa  57  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2142  hypothetical protein  38.46 
 
 
138 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1845  hypothetical protein  37.63 
 
 
147 aa  57  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.128733  normal  0.528638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3361  thioesterase superfamily protein  38.24 
 
 
148 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0284  thioesterase superfamily protein  36.25 
 
 
142 aa  56.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.719156  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0829  hypothetical protein  34.91 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  32.22 
 
 
140 aa  55.5  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0009  thioesterase superfamily protein  34.38 
 
 
161 aa  54.7  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.239362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17390  Phenylacetic acid degradation-related protein  30.3 
 
 
140 aa  54.3  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00857022  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2492  phenylacetic acid degradation-related protein  35.04 
 
 
146 aa  53.9  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5199  phenylacetic acid degradation-related protein  33.33 
 
 
159 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2242  phenylacetic acid degradation-related protein  29.93 
 
 
152 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298496  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6180  phenylacetic acid degradation-related protein  33.33 
 
 
159 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1922  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
159 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.411154 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1970  thioesterase superfamily protein  30.39 
 
 
133 aa  53.9  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.19363  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1899  hypothetical protein  33.33 
 
 
159 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1374  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
159 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4670  thioesterase superfamily protein  36.78 
 
 
137 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.614434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0256  phenylacetic acid degradation-related protein  36.46 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3214  phenylacetic acid degradation-related protein  31.39 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.590302  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3360  thioesterase superfamily protein  36.26 
 
 
161 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.199811  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1837  hypothetical protein  33.33 
 
 
159 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1809  thioesterase superfamily protein  33.33 
 
 
159 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.489553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>