186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1701 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1701  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 
160 aa  326  9e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0708243  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1025  phenylacetic acid degradation-related protein  62.03 
 
 
167 aa  201  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.61355  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0703  hypothetical protein  61.44 
 
 
158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1993  hypothetical protein  61.44 
 
 
158 aa  195  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.762043  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2083  hypothetical protein  62.07 
 
 
155 aa  194  4.0000000000000005e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.760397  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  50.68 
 
 
182 aa  140  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  46.62 
 
 
193 aa  138  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  47.95 
 
 
185 aa  138  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  46.05 
 
 
187 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  47.3 
 
 
204 aa  130  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  51.15 
 
 
139 aa  128  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  47.02 
 
 
189 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  42.76 
 
 
184 aa  123  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  42.57 
 
 
182 aa  123  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  41.78 
 
 
182 aa  120  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63860  hypothetical protein  40.52 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1102  thioesterase superfamily protein  40.94 
 
 
189 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.218192  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  41.43 
 
 
176 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5549  hypothetical protein  38.82 
 
 
179 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  42.76 
 
 
169 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  42.86 
 
 
183 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  41.94 
 
 
169 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  44.06 
 
 
159 aa  108  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  40.85 
 
 
225 aa  107  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  38.71 
 
 
191 aa  107  8.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  41.1 
 
 
158 aa  104  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  34.97 
 
 
144 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  34.29 
 
 
142 aa  103  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  38.41 
 
 
170 aa  103  9e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  34.97 
 
 
144 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  34.97 
 
 
144 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  34.97 
 
 
144 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  36.36 
 
 
146 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  40.88 
 
 
181 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  41.38 
 
 
156 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  39.19 
 
 
161 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  37.32 
 
 
176 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  37.32 
 
 
176 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3308  hypothetical protein  31.47 
 
 
147 aa  94.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  38.41 
 
 
146 aa  95.1  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  31.91 
 
 
144 aa  94  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  39.53 
 
 
174 aa  94  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  31.21 
 
 
144 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  33.57 
 
 
145 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  38.69 
 
 
209 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  33.57 
 
 
145 aa  87.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  33.57 
 
 
145 aa  87.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2491  hypothetical protein  33.8 
 
 
145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.554624  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1483  hypothetical protein  33.57 
 
 
165 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  33.57 
 
 
145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  33.57 
 
 
145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  36.96 
 
 
179 aa  85.1  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  35.21 
 
 
232 aa  84.3  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1510  hypothetical protein  29.29 
 
 
145 aa  83.6  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382765  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  37.4 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  30.71 
 
 
145 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  32.68 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  39.55 
 
 
148 aa  80.1  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2002  thioesterase family protein  34.51 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1708  hypothetical protein  34.51 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.361715  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0365  hypothetical protein  34.51 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1848  thioesterase family protein  34.51 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0796  thioesterase family protein  34.51 
 
 
145 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1223  hypothetical protein  34.43 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928128  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1835  thioesterase family protein  33.8 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  36.84 
 
 
153 aa  73.9  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3607  thioesterase superfamily protein  31.39 
 
 
155 aa  68.2  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0168522  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2612  thioesterase superfamily protein  35.42 
 
 
164 aa  67  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000610036  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2725  hypothetical protein  36.36 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227309  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  29.5 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3389  hypothetical protein  29.29 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147102  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2655  hypothetical protein  32.2 
 
 
132 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1498  thioesterase superfamily protein  30.6 
 
 
149 aa  55.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1314  hypothetical protein  32.2 
 
 
153 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4539  thioesterase superfamily protein  31.3 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3222  phenylacetic acid degradation-related protein  31.93 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.663153  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3284  hypothetical protein  31.93 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3233  hypothetical protein  31.93 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.245509  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2844  thioesterase superfamily protein  31.1 
 
 
161 aa  53.9  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3519  thioesterase superfamily protein  32.03 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.768855  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1073  hypothetical protein  33.64 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268412  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4591  hypothetical protein  27.43 
 
 
150 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.960972  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  27.74 
 
 
135 aa  52.4  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3214  phenylacetic acid degradation-related protein  28.89 
 
 
152 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.590302  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2242  phenylacetic acid degradation-related protein  28.15 
 
 
152 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298496  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  27.74 
 
 
135 aa  52.4  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5992  thioesterase superfamily protein  32.23 
 
 
152 aa  52  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000179712 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2253  phenylacetic acid degradation-related protein  30 
 
 
147 aa  51.6  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.9321e-16  hitchhiker  0.00000000000000125506 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1292  thioesterase superfamily protein  33.64 
 
 
159 aa  51.6  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.430842  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0101  phenylacetic acid degradation-related protein  32.74 
 
 
148 aa  51.6  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1795  phenylacetic acid degradation-related protein  33.68 
 
 
161 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.560349  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3101  thioesterase superfamily protein  36.63 
 
 
162 aa  51.2  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1194  thioesterase superfamily protein  31.9 
 
 
153 aa  51.6  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.149341  normal  0.623252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0134  phenylacetic acid degradation-related protein  36.13 
 
 
159 aa  51.2  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3025  thioesterase superfamily protein  26.5 
 
 
146 aa  51.2  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0281155  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4623  thioesterase superfamily protein  25.41 
 
 
144 aa  51.2  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1379  thioesterase superfamily protein  30.95 
 
 
166 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23835  normal  0.28314 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5037  putative thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase  34.48 
 
 
146 aa  50.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.230571  normal  0.381864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0989  thioesterase superfamily protein  32.71 
 
 
142 aa  50.8  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0316  hypothetical protein  26.55 
 
 
150 aa  50.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>