More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3924 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4363  response regulator receiver protein  94.85 
 
 		 563 aa  1080    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.470941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3688  response regulator receiver protein  88.08 
 
 		 564 aa  1000    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  65.84 
 
 		 568 aa  741    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  64.23 
 
 		 568 aa  737    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1504  response regulator receiver protein  95.38 
 
 		 563 aa  1088    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709749  normal  0.106415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  64.27 
 
 		 562 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1542  response regulator receiver domain-containing protein  68.56 
 
 		 567 aa  775    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3365  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34360  Response regulator  64.53 
 
 		 575 aa  700    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.328347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1784  putative two-component response regulator  62.97 
 
 		 571 aa  707    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3924  response regulator receiver protein  100 
 
 		 563 aa  1134    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20780  putative two-component response regulator  62.97 
 
 		 571 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  47.7 
 
 		 574 aa  529  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2179  flagellar basal-body rod protein FlgC  45.39 
 
 		 575 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3440  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 572 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  37.43 
 
 		 564 aa  422  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  39.37 
 
 		 577 aa  353  4e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3118  response regulator receiver domain-containing protein  34.03 
 
 		 563 aa  342  7e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  34.83 
 
 		 548 aa  335  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01717  putative response regulator  34.4 
 
 		 568 aa  302  8.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0157  response regulator  31.38 
 
 		 568 aa  295  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1039  response regulator receiver domain-containing protein  31.12 
 
 		 567 aa  278  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2342  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 561 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00850448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2956  response regulator receiver protein  37.33 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3297  response regulator receiver protein  26.06 
 
 		 550 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3534  response regulator receiver protein  32.21 
 
 		 393 aa  207  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2220  response regulator receiver protein  26.87 
 
 		 565 aa  205  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2528  response regulator receiver protein  35.67 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.249668  normal  0.0734484 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2095  response regulator receiver protein  26.12 
 
 		 567 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1879  response regulator receiver protein  26.12 
 
 		 567 aa  190  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2119  response regulator  26.15 
 
 		 565 aa  188  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2366  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 577 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2249  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 577 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.299733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2096  response regulator receiver protein  26.21 
 
 		 577 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.856197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2226  response regulator receiver protein  28.16 
 
 		 383 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.916787 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3023  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 367 aa  180  7e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  32.01 
 
 		 390 aa  179  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0435  response regulator receiver protein  31.29 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2110  stage II sporulation E family protein  29.63 
 
 		 369 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  30.19 
 
 		 513 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  28.47 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.71 
 
 		 380 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  29.35 
 
 		 418 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  29.6 
 
 		 415 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1210  response regulator receiver protein  29.4 
 
 		 400 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0544929  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.04 
 
 		 384 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 434 aa  111  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  29.46 
 
 		 504 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  26.7 
 
 		 423 aa  110  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.79 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05599  response regulator receiver  21.82 
 
 		 560 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.77 
 
 		 470 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1566  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  23.48 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.244929 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.15 
 
 		 394 aa  101  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  34.23 
 
 		 414 aa  100  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.94 
 
 		 423 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 		 619 aa  100  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1702  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.13 
 
 		 460 aa  99.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  23.55 
 
 		 380 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  26.42 
 
 		 391 aa  99.4  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 303 aa  99.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.24 
 
 		 407 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  23.82 
 
 		 380 aa  99  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2013  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.87 
 
 		 411 aa  99  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.155477  normal  0.0155604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  40.98 
 
 		 705 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  37.82 
 
 		 382 aa  98.6  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  25.37 
 
 		 434 aa  98.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 301 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  42.31 
 
 		 228 aa  97.8  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.46 
 
 		 371 aa  97.8  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.15 
 
 		 380 aa  97.4  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  24.38 
 
 		 380 aa  97.4  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0749  response regulator receiver protein  36.24 
 
 		 406 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.893418  normal  0.0890519 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  39.2 
 
 		 705 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2647  response regulator receiver protein  27.82 
 
 		 418 aa  97.1  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0228439  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  24.1 
 
 		 380 aa  97.1  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 612 aa  97.1  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1941  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 156 aa  97.1  9e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.66 
 
 		 400 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1257  two component transcriptional regulator  43.31 
 
 		 229 aa  96.3  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536699  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  24.1 
 
 		 380 aa  95.9  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  24.1 
 
 		 358 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  39.42 
 
 		 227 aa  95.1  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  24.03 
 
 		 380 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 313 aa  94.7  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0702  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.32 
 
 		 331 aa  94.7  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 303 aa  94.7  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  33.11 
 
 		 351 aa  94.7  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3856  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 378 aa  94.4  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3723  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  24.73 
 
 		 378 aa  94  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0976167  normal  0.601311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.18 
 
 		 457 aa  94  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1474  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.17 
 
 		 345 aa  93.6  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 316 aa  93.6  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2699  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.25 
 
 		 328 aa  93.6  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0500  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 373 aa  93.6  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0436  response regulator receiver protein  31.87 
 
 		 370 aa  93.6  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3574  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.98 
 
 		 301 aa  93.6  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0249095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000007  serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  20.8 
 
 		 397 aa  93.6  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.441967  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2194  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 452 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.514859 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.34 
 
 		 457 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>