More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2179 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2179  flagellar basal-body rod protein FlgC  100 
 
 		 575 aa  1186    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20780  putative two-component response regulator  48.86 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1784  putative two-component response regulator  48.52 
 
 		 571 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  46.56 
 
 		 574 aa  525  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  45.36 
 
 		 568 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1542  response regulator receiver domain-containing protein  45.53 
 
 		 567 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3365  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  47.27 
 
 		 562 aa  504  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34360  Response regulator  46.69 
 
 		 575 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.328347  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  45.34 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3924  response regulator receiver protein  45.39 
 
 		 563 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1504  response regulator receiver protein  45.04 
 
 		 563 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709749  normal  0.106415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3688  response regulator receiver protein  45.22 
 
 		 564 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4363  response regulator receiver protein  44.79 
 
 		 563 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.470941 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  36.63 
 
 		 564 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3440  response regulator receiver protein  37.52 
 
 		 572 aa  371  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 577 aa  350  4e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3118  response regulator receiver domain-containing protein  31.87 
 
 		 563 aa  317  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01717  putative response regulator  32.75 
 
 		 568 aa  307  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 548 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1039  response regulator receiver domain-containing protein  30.45 
 
 		 567 aa  297  4e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0157  response regulator  30.8 
 
 		 568 aa  273  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2342  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 561 aa  249  7e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00850448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2956  response regulator receiver protein  31.56 
 
 		 365 aa  206  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2249  response regulator receiver protein  25.99 
 
 		 577 aa  205  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.299733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2096  response regulator receiver protein  25.65 
 
 		 577 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.856197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2366  response regulator receiver protein  25.65 
 
 		 577 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2528  response regulator receiver protein  31.69 
 
 		 378 aa  199  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.249668  normal  0.0734484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2220  response regulator receiver protein  25.77 
 
 		 565 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1879  response regulator receiver protein  26.33 
 
 		 567 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2119  response regulator  26.67 
 
 		 565 aa  194  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2095  response regulator receiver protein  25.99 
 
 		 567 aa  193  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3297  response regulator receiver protein  26.06 
 
 		 550 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3534  response regulator receiver protein  28.01 
 
 		 393 aa  191  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2226  response regulator receiver protein  28.38 
 
 		 383 aa  187  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.916787 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  29.02 
 
 		 390 aa  181  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0435  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 373 aa  172  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3023  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 367 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2110  stage II sporulation E family protein  28.42 
 
 		 369 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  31.8 
 
 		 504 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  28.04 
 
 		 513 aa  130  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  29.6 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  28.54 
 
 		 423 aa  124  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.67 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.18 
 
 		 400 aa  117  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  25.69 
 
 		 418 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0071  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  28.47 
 
 		 426 aa  112  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05599  response regulator receiver  23.13 
 
 		 560 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  23.06 
 
 		 415 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.74 
 
 		 385 aa  108  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.29 
 
 		 371 aa  108  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1210  response regulator receiver protein  24.94 
 
 		 400 aa  107  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0544929  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 303 aa  107  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000007  serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  21.77 
 
 		 397 aa  106  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.441967  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.42 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 434 aa  100  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 303 aa  99.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  22.06 
 
 		 395 aa  100  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.55 
 
 		 486 aa  99.4  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  33.1 
 
 		 319 aa  98.2  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  25.29 
 
 		 434 aa  98.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  25.84 
 
 		 391 aa  97.1  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.38 
 
 		 394 aa  96.7  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2647  response regulator receiver protein  25 
 
 		 418 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0228439  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0921  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.37 
 
 		 378 aa  96.7  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.65 
 
 		 470 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2998  response regulator receiver protein  26.37 
 
 		 377 aa  96.3  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  23.95 
 
 		 422 aa  95.1  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.11 
 
 		 711 aa  95.1  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3109  response regulator receiver  32.39 
 
 		 285 aa  94.7  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0893452  normal  0.677049 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.25 
 
 		 380 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.84 
 
 		 407 aa  93.6  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 		 243 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  31.71 
 
 		 414 aa  93.2  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1566  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  22.33 
 
 		 396 aa  92.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.244929 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2108  multisensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 		 492 aa  91.7  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0176  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.69 
 
 		 378 aa  91.3  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 313 aa  90.9  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  30.43 
 
 		 204 aa  90.1  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.99 
 
 		 392 aa  90.1  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 227 aa  89.7  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  32.89 
 
 		 382 aa  88.6  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  21.14 
 
 		 380 aa  88.6  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4702  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 		 381 aa  88.6  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0901362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  32.77 
 
 		 227 aa  88.6  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1037  sensory box/response regulator  28.77 
 
 		 799 aa  87.8  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  20.87 
 
 		 380 aa  88.2  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  20.39 
 
 		 380 aa  88.2  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2699  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.71 
 
 		 328 aa  87.8  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 		 619 aa  87.8  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.35 
 
 		 243 aa  87.8  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 		 612 aa  87.8  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.35 
 
 		 243 aa  87.8  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.68 
 
 		 380 aa  87.8  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  29.35 
 
 		 242 aa  87.8  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  20.87 
 
 		 380 aa  87.4  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.19 
 
 		 548 aa  87.4  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  29.35 
 
 		 242 aa  87.4  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 441 aa  87.4  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 928 aa  87.4  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.467526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>