More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2095 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2249  response regulator receiver protein  56.63 
 
 		 577 aa  657    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.299733  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2366  response regulator receiver protein  56.63 
 
 		 577 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2095  response regulator receiver protein  100 
 
 		 567 aa  1171    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1879  response regulator receiver protein  99.65 
 
 		 567 aa  1169    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2096  response regulator receiver protein  56.67 
 
 		 577 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.856197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2220  response regulator receiver protein  90.28 
 
 		 565 aa  1060    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2119  response regulator  53.53 
 
 		 565 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2110  stage II sporulation E family protein  55.38 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3297  response regulator receiver protein  32.09 
 
 		 550 aa  286  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2108  response regulator receiver protein  61.34 
 
 		 224 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 577 aa  221  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  27.68 
 
 		 564 aa  211  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  27.46 
 
 		 548 aa  210  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3688  response regulator receiver protein  26.93 
 
 		 564 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  27.63 
 
 		 562 aa  204  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01717  putative response regulator  26.69 
 
 		 568 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1542  response regulator receiver domain-containing protein  27.29 
 
 		 567 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3365  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  27.26 
 
 		 568 aa  200  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20780  putative two-component response regulator  26 
 
 		 571 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1784  putative two-component response regulator  26.09 
 
 		 571 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  27.24 
 
 		 568 aa  196  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4363  response regulator receiver protein  26.98 
 
 		 563 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.470941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1504  response regulator receiver protein  26.8 
 
 		 563 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709749  normal  0.106415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2179  flagellar basal-body rod protein FlgC  25.99 
 
 		 575 aa  193  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3924  response regulator receiver protein  26.12 
 
 		 563 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34360  Response regulator  26.47 
 
 		 575 aa  191  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.328347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3440  response regulator receiver protein  28.15 
 
 		 572 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3118  response regulator receiver domain-containing protein  26.61 
 
 		 563 aa  185  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  24.13 
 
 		 574 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0157  response regulator  25.22 
 
 		 568 aa  171  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2342  response regulator receiver protein  25.55 
 
 		 561 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00850448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1039  response regulator receiver domain-containing protein  22.66 
 
 		 567 aa  137  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3534  response regulator receiver protein  25.49 
 
 		 393 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  28.24 
 
 		 390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2956  response regulator receiver protein  26.03 
 
 		 365 aa  117  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0435  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 373 aa  116  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2226  response regulator receiver protein  26.04 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.916787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  29.81 
 
 		 415 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2528  response regulator receiver protein  25.29 
 
 		 378 aa  99.4  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.249668  normal  0.0734484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3023  response regulator receiver protein  26.57 
 
 		 367 aa  100  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  26.39 
 
 		 513 aa  90.9  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.95 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  23.52 
 
 		 394 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  23.04 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 		 551 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.14 
 
 		 396 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.67 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1406  response regulator  28.16 
 
 		 351 aa  82  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  27.27 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  26.29 
 
 		 504 aa  81.3  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 487 aa  80.1  0.00000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.84 
 
 		 739 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  22.22 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.51 
 
 		 1143 aa  79  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.62 
 
 		 458 aa  78.6  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1558  response regulator receiver protein  23.2 
 
 		 566 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  22.22 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 		 526 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  26.22 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.86 
 
 		 470 aa  77.4  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.25 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  23.96 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3751  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  29.14 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 503 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000181807 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  23.6 
 
 		 434 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  25 
 
 		 391 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 		 544 aa  76.6  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.71 
 
 		 385 aa  75.9  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_565  response regulator receiver:metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain protein  26.29 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  23.56 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.09 
 
 		 391 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  29.71 
 
 		 236 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.01 
 
 		 470 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  29.71 
 
 		 236 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1417  two component Fis family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 492 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  29.71 
 
 		 236 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1136  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.29 
 
 		 466 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2031  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  27.1 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.306573  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2101  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  27.1 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1829  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  27.1 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3376  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 466 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.91 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 476 aa  75.1  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  23.55 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0597  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  26.19 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  32.56 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  23.85 
 
 		 394 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 		 544 aa  73.9  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0082  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.11 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.06 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1891  response regulator  28.4 
 
 		 379 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.750204  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0605  adenylate/guanylate cyclase  25.26 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.657653  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.61 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  27.38 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  23.27 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>