More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3118 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3118  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 563 aa  1159    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  37.05 
 
 		 548 aa  362  1e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  35.58 
 
 		 562 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3688  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 564 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20780  putative two-component response regulator  35.64 
 
 		 571 aa  350  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4363  response regulator receiver protein  35.02 
 
 		 563 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.470941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1504  response regulator receiver protein  35.02 
 
 		 563 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709749  normal  0.106415 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1784  putative two-component response regulator  34.74 
 
 		 571 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3924  response regulator receiver protein  34.03 
 
 		 563 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  34.57 
 
 		 564 aa  342  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0157  response regulator  34.39 
 
 		 568 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  34.04 
 
 		 568 aa  334  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34360  Response regulator  34.57 
 
 		 575 aa  334  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.328347  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1542  response regulator receiver domain-containing protein  33.04 
 
 		 567 aa  332  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3365  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  33.81 
 
 		 568 aa  330  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01717  putative response regulator  32.69 
 
 		 568 aa  320  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2179  flagellar basal-body rod protein FlgC  31.87 
 
 		 575 aa  317  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  33.51 
 
 		 577 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 574 aa  309  6.999999999999999e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3440  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 572 aa  293  6e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2342  response regulator receiver protein  29.24 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00850448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1039  response regulator receiver domain-containing protein  29.79 
 
 		 567 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2226  response regulator receiver protein  34.02 
 
 		 383 aa  214  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.916787 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2220  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 565 aa  196  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2956  response regulator receiver protein  32.19 
 
 		 365 aa  195  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2095  response regulator receiver protein  26.61 
 
 		 567 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1879  response regulator receiver protein  26.96 
 
 		 567 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.686257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2366  response regulator receiver protein  26.83 
 
 		 577 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3534  response regulator receiver protein  26.49 
 
 		 393 aa  174  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2249  response regulator receiver protein  26.26 
 
 		 577 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.299733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2096  response regulator receiver protein  26.26 
 
 		 577 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.856197  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2119  response regulator  26.57 
 
 		 565 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  27.39 
 
 		 390 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3023  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 367 aa  156  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3297  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2528  response regulator receiver protein  27.73 
 
 		 378 aa  143  8e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.249668  normal  0.0734484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0435  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 373 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  29.32 
 
 		 504 aa  123  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  27.21 
 
 		 513 aa  120  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2110  stage II sporulation E family protein  26.42 
 
 		 369 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.07 
 
 		 385 aa  111  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.26 
 
 		 396 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0106  stage II sporulation E  30.8 
 
 		 415 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05599  response regulator receiver  21.58 
 
 		 560 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  25.26 
 
 		 434 aa  107  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.96 
 
 		 400 aa  104  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  24.06 
 
 		 415 aa  103  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0921  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.94 
 
 		 378 aa  103  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0176  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.77 
 
 		 378 aa  101  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  24.47 
 
 		 395 aa  98.2  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.23 
 
 		 380 aa  96.7  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.26 
 
 		 392 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3856  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 		 378 aa  96.3  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  23.3 
 
 		 391 aa  95.1  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000007  serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  21.21 
 
 		 397 aa  95.1  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.441967  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3723  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  25.47 
 
 		 378 aa  94  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0976167  normal  0.601311 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  24.86 
 
 		 380 aa  92.8  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  24.86 
 
 		 380 aa  92  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 434 aa  91.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  33.55 
 
 		 351 aa  91.3  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  24.3 
 
 		 380 aa  90.9  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0749  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 406 aa  90.9  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.893418  normal  0.0890519 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 312 aa  90.5  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.05 
 
 		 407 aa  90.1  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 303 aa  89.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  23.72 
 
 		 380 aa  89  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1656  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 166 aa  89  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.16 
 
 		 380 aa  89  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 900 aa  89  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0213  DNA-binding response regulator  38.89 
 
 		 227 aa  88.6  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0254  DNA-binding response regulator  38.89 
 
 		 227 aa  88.6  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000466037 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.93 
 
 		 371 aa  88.6  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  23.47 
 
 		 380 aa  88.2  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 227 aa  87.8  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  23.88 
 
 		 358 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  23.88 
 
 		 380 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.56 
 
 		 384 aa  87.4  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  38.79 
 
 		 414 aa  87.4  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  22.75 
 
 		 423 aa  87  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  23.5 
 
 		 422 aa  87  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 313 aa  86.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0324  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.81 
 
 		 424 aa  86.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.046409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.03 
 
 		 584 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0930  response regulator  23.47 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0994  response regulator  23.47 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 454 aa  84.3  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.85 
 
 		 526 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1566  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  23.61 
 
 		 396 aa  84  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.244929 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1870  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.88 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.177859  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  40.34 
 
 		 460 aa  83.2  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  20.46 
 
 		 486 aa  83.2  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0762  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.7 
 
 		 368 aa  82.8  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.218112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  33.08 
 
 		 705 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1676  two component transcriptional regulator  30.46 
 
 		 219 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2013  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.44 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.155477  normal  0.0155604 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.13 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  22.06 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.15 
 
 		 394 aa  82.4  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1844  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.44 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4651  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00217543  unclonable  3.82242e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>