199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1181 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  100 
 
 		 417 aa  864    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  35.63 
 
 		 446 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  35.63 
 
 		 446 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  36.05 
 
 		 430 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  35.32 
 
 		 428 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  33.5 
 
 		 431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  33.83 
 
 		 426 aa  232  9e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  35.77 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  32.59 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  33.16 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  32.67 
 
 		 411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  32.43 
 
 		 411 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  32.43 
 
 		 411 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  31.79 
 
 		 398 aa  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  37.5 
 
 		 255 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  28.07 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  28.86 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  27.43 
 
 		 431 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  28.14 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  27.3 
 
 		 430 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 430 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000646207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  27 
 
 		 388 aa  106  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  29.01 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  24.69 
 
 		 403 aa  89.7  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  25.83 
 
 		 386 aa  87.8  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  25.73 
 
 		 356 aa  86.7  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  25.7 
 
 		 381 aa  86.7  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  25.26 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  26.45 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  25.6 
 
 		 407 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  22.51 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  24.11 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  23.02 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  27.15 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06819  integrase  32.37 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  24.59 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  21.99 
 
 		 392 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  29.65 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  21.45 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  22.59 
 
 		 433 aa  72  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  26.67 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  41.18 
 
 		 140 aa  70.5  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  23.41 
 
 		 401 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  23.87 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  23.35 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  31.41 
 
 		 292 aa  67  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  22 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  29.3 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  22.98 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0135  bacteriophage-related integrase  23.16 
 
 		 385 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.566608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  22.22 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2937  integrase, putative  56.6 
 
 		 139 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.456202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  24.19 
 
 		 414 aa  60.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  29.53 
 
 		 391 aa  59.7  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  25.35 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1986  phage integrase family site specific recombinase  28.12 
 
 		 375 aa  59.7  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  27.84 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2293  phage integrase family protein  28.43 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1932  integrase/recombinase, phage associated  25.93 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.706433  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  24.27 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  26.26 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  23.27 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  24.68 
 
 		 315 aa  57  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  24.32 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  26.22 
 
 		 273 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  35.94 
 
 		 257 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  26.57 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  23.84 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  25.95 
 
 		 378 aa  55.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  21.59 
 
 		 424 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  26.57 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  27.01 
 
 		 369 aa  54.7  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  21.67 
 
 		 390 aa  54.7  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  25.56 
 
 		 391 aa  55.1  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.08 
 
 		 284 aa  54.7  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0136  site-specific tyrosine recombinase XerS  25.74 
 
 		 361 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.293476  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2767  integrase family protein  26.13 
 
 		 453 aa  53.5  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000543052  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  24.17 
 
 		 321 aa  53.1  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  23.98 
 
 		 451 aa  53.1  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1703  phage integrase  25.2 
 
 		 285 aa  53.1  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1993  phage integrase family site specific recombinase  25.75 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  28.42 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  24.49 
 
 		 370 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  26.39 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  23.86 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0993  integrase family protein  23.84 
 
 		 320 aa  52.4  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00576914  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  25.64 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0200  site-specific tyrosine recombinase XerS  25.25 
 
 		 361 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  9.249629999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 300 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1691  phage integrase family protein  26.54 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.66436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  24.46 
 
 		 293 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  24.44 
 
 		 325 aa  50.8  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  22.34 
 
 		 370 aa  50.4  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  29.17 
 
 		 276 aa  50.4  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  23.86 
 
 		 386 aa  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  27.16 
 
 		 294 aa  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2271  hypothetical protein  25.86 
 
 		 337 aa  49.7  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000219474  hitchhiker  0.000127881 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0261  site-specific tyrosine recombinase XerS  24.75 
 
 		 361 aa  49.7  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  25.91 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>