More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2465 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  100 
 
 		 381 aa  797    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06819  integrase  47.92 
 
 		 341 aa  292  8e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  34.71 
 
 		 430 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000646207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  34.71 
 
 		 430 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  33.87 
 
 		 431 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  32.79 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  31.92 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  32.56 
 
 		 401 aa  126  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  30.38 
 
 		 411 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  28.43 
 
 		 412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  27.36 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  27.69 
 
 		 471 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  27.04 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  26.47 
 
 		 435 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  28.34 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  26.35 
 
 		 424 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  29.34 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  29.34 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  29.34 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  28.18 
 
 		 428 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  25.23 
 
 		 426 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  26.76 
 
 		 412 aa  107  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  26.09 
 
 		 392 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  24.92 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  26.2 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  24.92 
 
 		 431 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2077  putative phage integrase  25.82 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  25.4 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.51 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  28.52 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  25.78 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  24.51 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  28.86 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  25.49 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  30.4 
 
 		 403 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 401 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  26.61 
 
 		 255 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  30.69 
 
 		 293 aa  97.8  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  26.38 
 
 		 386 aa  97.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  24.46 
 
 		 433 aa  96.7  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  26.13 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  25 
 
 		 407 aa  93.2  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  27.81 
 
 		 359 aa  92.8  8e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2082  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.26 
 
 		 260 aa  92  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  25.3 
 
 		 446 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  25.3 
 
 		 446 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  24.61 
 
 		 430 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  24.21 
 
 		 390 aa  89.4  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  25.7 
 
 		 417 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  28.57 
 
 		 292 aa  86.3  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  26.42 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  30.69 
 
 		 276 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  25.17 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  25.47 
 
 		 396 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0966  integrase family protein  22.85 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  22.58 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  27.46 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  24.69 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0604  integrase family protein  24.57 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  29.41 
 
 		 190 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0915  Tn916, transposase  27.76 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.39 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  24.19 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  29.23 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  26.37 
 
 		 443 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  25.28 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  21.52 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.71 
 
 		 390 aa  69.3  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  24.84 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  24.84 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  23.71 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  25.93 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  25.19 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  26.89 
 
 		 378 aa  66.2  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  24.49 
 
 		 378 aa  66.2  0.0000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  25.73 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  23.66 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  20.97 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  23.89 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  23.58 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  23.8 
 
 		 434 aa  63.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  27.07 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1607  phage integrase family protein  22.81 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0135  bacteriophage-related integrase  23.86 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.566608  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  22.1 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0121  integrase family protein  24.18 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.534504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0924  integrase family protein  24.62 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  23.34 
 
 		 396 aa  62  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  22.55 
 
 		 451 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  23.05 
 
 		 314 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1993  phage integrase family site specific recombinase  28.75 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  26.86 
 
 		 398 aa  60.8  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  26.32 
 
 		 391 aa  61.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  22.49 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.59 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  25.91 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  22.91 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>