More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2315 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  100 
 
 		 255 aa  534  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  69.69 
 
 		 411 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  69.69 
 
 		 411 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  69.69 
 
 		 411 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  48.64 
 
 		 428 aa  259  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  48.05 
 
 		 412 aa  258  9e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  48.65 
 
 		 398 aa  248  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  48.65 
 
 		 431 aa  248  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  47.27 
 
 		 446 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  47.27 
 
 		 446 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  48.65 
 
 		 426 aa  247  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  47.45 
 
 		 430 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  45.49 
 
 		 428 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  43.14 
 
 		 411 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  37.5 
 
 		 417 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  34.4 
 
 		 401 aa  146  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  34.4 
 
 		 402 aa  146  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  67.42 
 
 		 140 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06819  integrase  31.93 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  31.78 
 
 		 388 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  28.35 
 
 		 431 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  29.62 
 
 		 356 aa  109  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  30.83 
 
 		 375 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  31.7 
 
 		 392 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  28.12 
 
 		 407 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  31.25 
 
 		 392 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  31.31 
 
 		 401 aa  105  8e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  27.23 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  29.78 
 
 		 391 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  26.38 
 
 		 430 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000646207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  26.38 
 
 		 430 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  26.25 
 
 		 390 aa  99.4  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  26.61 
 
 		 381 aa  98.2  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  26.34 
 
 		 412 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  27.31 
 
 		 414 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  29.72 
 
 		 292 aa  96.7  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  32.82 
 
 		 190 aa  95.9  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  25.73 
 
 		 403 aa  95.9  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  29.84 
 
 		 396 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  25.58 
 
 		 435 aa  93.6  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  27.57 
 
 		 397 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  26.83 
 
 		 392 aa  91.3  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  25.4 
 
 		 393 aa  90.5  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  26.02 
 
 		 411 aa  90.1  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  27.43 
 
 		 359 aa  90.1  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  26.86 
 
 		 293 aa  89.7  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  27.2 
 
 		 338 aa  89  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  27.87 
 
 		 386 aa  87.8  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  31.08 
 
 		 273 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  27.89 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  29.35 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  28.98 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  26.15 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  23.89 
 
 		 471 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1682  Rac prophage; integrase  71.74 
 
 		 46 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.125194  normal  0.0274257 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1776  Rac prophage; integrase  71.74 
 
 		 46 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.97302  normal  0.0851473 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  27.03 
 
 		 378 aa  80.5  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0135  bacteriophage-related integrase  24.41 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.566608  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  23.62 
 
 		 433 aa  80.1  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2082  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.16 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2077  putative phage integrase  26.16 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3077  integrase family protein  26.75 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.486947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  24.43 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.74 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  25.74 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  28.95 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  28.42 
 
 		 381 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3548  phage integrase family protein  28.42 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.339654  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  26.6 
 
 		 436 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  26.27 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  24.8 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  28.95 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  28.42 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  39.71 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1986  phage integrase family site specific recombinase  30.51 
 
 		 375 aa  73.2  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  24.11 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  27.13 
 
 		 383 aa  72.8  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  25.28 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  26.14 
 
 		 365 aa  72  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1783  Phage integrase  26.24 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.552394 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  25.83 
 
 		 438 aa  70.5  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  27.4 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3323  integrase family protein  31.97 
 
 		 373 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  26.29 
 
 		 397 aa  68.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.24 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.24 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  25 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2018  integrase family protein  25.31 
 
 		 452 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  25.29 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1932  integrase/recombinase, phage associated  27.37 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.706433  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0966  integrase family protein  26.72 
 
 		 346 aa  65.5  0.0000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  27.75 
 
 		 388 aa  65.5  0.0000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2011  integrase family protein  26.11 
 
 		 442 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.460145 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  24.22 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  26.38 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  28.09 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  25 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  24.64 
 
 		 370 aa  62.8  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.18 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  24.57 
 
 		 384 aa  62.4  0.000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>