171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3069 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  100 
 
 		 436 aa  902    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1783  Phage integrase  48.17 
 
 		 452 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.552394 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2377  phage integrase family protein  42.08 
 
 		 397 aa  286  7e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.101211  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  48.21 
 
 		 257 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2118  integrative genetic element Gsu21, integrase  34.47 
 
 		 446 aa  242  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2271  hypothetical protein  47.37 
 
 		 337 aa  228  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000219474  hitchhiker  0.000127881 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2319  integrase family protein  34.54 
 
 		 493 aa  223  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  28.61 
 
 		 471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  28.4 
 
 		 414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  26.2 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  26.68 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  27.59 
 
 		 401 aa  125  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  28.65 
 
 		 433 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  26.57 
 
 		 435 aa  118  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  26.75 
 
 		 391 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  25.53 
 
 		 397 aa  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  26.58 
 
 		 407 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  27.53 
 
 		 384 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  25.64 
 
 		 407 aa  98.2  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  25.88 
 
 		 403 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  23.28 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  23.28 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  23.83 
 
 		 430 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  25.23 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  26.67 
 
 		 255 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  22.89 
 
 		 426 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  23.1 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  23 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  22.64 
 
 		 431 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  24.62 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  23.97 
 
 		 401 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  22.59 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  27.47 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  22.59 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  21.71 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  23.71 
 
 		 402 aa  70.1  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  41.18 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  26.15 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  32.19 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  21 
 
 		 428 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  26.23 
 
 		 391 aa  67  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  25.71 
 
 		 454 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  35.48 
 
 		 140 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  22.45 
 
 		 442 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  22.45 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03390  hypothetical protein  29.59 
 
 		 169 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000152663  unclonable  2.59325e-22 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.5 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2082  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.41 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2077  putative phage integrase  27.41 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.4 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.4 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  21.83 
 
 		 389 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0524  integrase family protein  25.93 
 
 		 407 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  22.22 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  22.26 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  21.23 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  24.47 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  22.22 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  29.87 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  26.9 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.9 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4324  integrase family protein  27.78 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3161  integrase family protein  29.88 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4084  integrase family protein  27.5 
 
 		 356 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  23.41 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  22.63 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  23.13 
 
 		 354 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  23.13 
 
 		 354 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  23.24 
 
 		 369 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  22.44 
 
 		 373 aa  55.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  32.1 
 
 		 297 aa  54.7  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4448  phage integrase family protein  20.65 
 
 		 424 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.322677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  23.69 
 
 		 369 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2497  integrase family protein  24.64 
 
 		 384 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.355652 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  25.61 
 
 		 305 aa  53.9  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  24.54 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03080  site-specific recombinase XerC  21.72 
 
 		 381 aa  53.1  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0299404  hitchhiker  1.02879e-24 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  22.32 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  26.06 
 
 		 369 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  22.57 
 
 		 359 aa  52.8  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0216  tyrosine recombinase XerC  31.38 
 
 		 250 aa  52.8  0.00001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  22.56 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  21.62 
 
 		 356 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  22.16 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  22.88 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  24.11 
 
 		 375 aa  52.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  22.36 
 
 		 387 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0939  integrase family protein  22.61 
 
 		 357 aa  50.8  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0828563 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  29.63 
 
 		 291 aa  51.2  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.99 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  21.04 
 
 		 443 aa  50.4  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  21.94 
 
 		 376 aa  50.4  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  21.19 
 
 		 383 aa  50.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  28.34 
 
 		 340 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  23.44 
 
 		 378 aa  49.3  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.27 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  22.56 
 
 		 369 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>