100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2937 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2937  integrase, putative  100 
 
 		 139 aa  290  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.456202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  53.6 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  43.09 
 
 		 356 aa  89.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  41.35 
 
 		 375 aa  74.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2749  hypothetical protein  68.09 
 
 		 73 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  36.97 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2523  Bbp50  53.73 
 
 		 69 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2835  hypothetical protein  77.5 
 
 		 54 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0848169  normal  0.131444 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  36.28 
 
 		 403 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  47.83 
 
 		 357 aa  66.6  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  37.72 
 
 		 407 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  31.93 
 
 		 431 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  31.93 
 
 		 426 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  31.93 
 
 		 398 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  32.46 
 
 		 428 aa  63.9  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  39.58 
 
 		 411 aa  62  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  56.6 
 
 		 417 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  44.3 
 
 		 414 aa  59.3  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  38.61 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  40.7 
 
 		 411 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  40.7 
 
 		 411 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  40.7 
 
 		 411 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  32.52 
 
 		 407 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  27.61 
 
 		 428 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  0.0000530695 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  30.61 
 
 		 401 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  41.77 
 
 		 386 aa  57.8  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  45.76 
 
 		 255 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  40 
 
 		 401 aa  57.4  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  30.61 
 
 		 402 aa  57  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  46.43 
 
 		 446 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  46.43 
 
 		 446 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  46.43 
 
 		 430 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  41.56 
 
 		 435 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  37.37 
 
 		 471 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  37.97 
 
 		 433 aa  53.9  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  30.15 
 
 		 412 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  38.37 
 
 		 392 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  29.57 
 
 		 379 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  37.97 
 
 		 391 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  46.55 
 
 		 384 aa  51.6  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  38.82 
 
 		 411 aa  51.2  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2497  integrase family protein  37.65 
 
 		 384 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.355652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  34 
 
 		 392 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  31.91 
 
 		 190 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  34.67 
 
 		 273 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24051  hypothetical protein  33.33 
 
 		 368 aa  48.5  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  28.04 
 
 		 370 aa  48.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  41.51 
 
 		 369 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  39.66 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  31.25 
 
 		 359 aa  47.4  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  35.37 
 
 		 378 aa  47.4  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  30 
 
 		 377 aa  47  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  39.68 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  28.7 
 
 		 378 aa  46.2  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1561  site-specific recombinase phage integrase family protein  37.31 
 
 		 418 aa  46.6  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.885578  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  29.03 
 
 		 445 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0049  Phage integrase  40.38 
 
 		 368 aa  45.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  35.71 
 
 		 392 aa  45.4  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  29.03 
 
 		 445 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  38.36 
 
 		 454 aa  45.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  35 
 
 		 374 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  35 
 
 		 374 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  34.78 
 
 		 390 aa  44.3  0.0006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  37.31 
 
 		 293 aa  43.9  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6841  integrase family protein  48.89 
 
 		 492 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  32.39 
 
 		 381 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  37.88 
 
 		 370 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0691  hypothetical protein  41.67 
 
 		 454 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.116997 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 435 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0145  integrase family protein  36.71 
 
 		 363 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0766756 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  32.73 
 
 		 369 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  24.3 
 
 		 393 aa  42.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  37.88 
 
 		 121 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4324  integrase family protein  35.29 
 
 		 396 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2337  hypothetical protein  36.36 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  34.43 
 
 		 390 aa  41.6  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2312  hypothetical protein  36.36 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.430324  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2095  phage integrase  36.36 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2157  hypothetical protein  36.36 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00218836  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  32.53 
 
 		 292 aa  41.2  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  37.04 
 
 		 431 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8660  hypothetical protein  43.18 
 
 		 454 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3648  phage integrase family protein  31.65 
 
 		 503 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.215294  normal  0.165741 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  26.36 
 
 		 338 aa  41.6  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  27.36 
 
 		 387 aa  41.2  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  38.67 
 
 		 385 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  30.84 
 
 		 404 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0897  hypothetical protein  42.55 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  24.07 
 
 		 373 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2093  integrase family protein  32.94 
 
 		 385 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.379176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  27.55 
 
 		 426 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 383 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  44.74 
 
 		 393 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0598  integrase family protein  39.29 
 
 		 283 aa  40.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0078  integrase family protein  38.3 
 
 		 456 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.144212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0559  phage integrase family protein  43.18 
 
 		 464 aa  40.4  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  29.52 
 
 		 369 aa  40.4  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3943  integrase family protein  40.43 
 
 		 433 aa  40  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  43.4 
 
 		 370 aa  40  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0148  hypothetical protein  38.3 
 
 		 456 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>