44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2271 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_2271  hypothetical protein  100 
 
 
337 aa  699    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000219474  hitchhiker  0.000127881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1783  Phage integrase  95.26 
 
 
452 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.552394 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2377  phage integrase family protein  48.66 
 
 
397 aa  215  9e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.101211  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  47.37 
 
 
436 aa  209  8e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2118  integrative genetic element Gsu21, integrase  34.39 
 
 
446 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  56.82 
 
 
257 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000494154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2319  integrase family protein  27.63 
 
 
493 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  28.51 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  29.59 
 
 
433 aa  69.3  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  28.29 
 
 
471 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  28.57 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000225151  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  30.96 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  29.6 
 
 
412 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  28.44 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  27.45 
 
 
397 aa  60.8  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  28.73 
 
 
391 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  28.43 
 
 
392 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  27.94 
 
 
392 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  27.08 
 
 
414 aa  57  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  25 
 
 
407 aa  55.8  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  0.0000000356379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  37.88 
 
 
255 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  38.81 
 
 
411 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  38.81 
 
 
411 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  38.81 
 
 
411 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000253071  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  26.99 
 
 
407 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03390  hypothetical protein  25.29 
 
 
169 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000152663  unclonable  2.59325e-22 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  37.68 
 
 
412 aa  50.4  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  27.61 
 
 
293 aa  49.7  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  25.86 
 
 
417 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  35.29 
 
 
292 aa  48.9  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000402051  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  23.87 
 
 
403 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  35.09 
 
 
428 aa  47  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  32 
 
 
140 aa  47.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  30 
 
 
397 aa  46.2  0.0007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  29.87 
 
 
384 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  35.09 
 
 
411 aa  45.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  31.15 
 
 
431 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  32.79 
 
 
430 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  32.79 
 
 
446 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  32.79 
 
 
446 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  31.15 
 
 
398 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  31.15 
 
 
426 aa  43.9  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12333  integrase  25 
 
 
151 aa  43.1  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  24.63 
 
 
383 aa  42.7  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>