More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2012 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2012  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 342 aa  679    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148212  normal  0.080267 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2526  homoserine dehydrogenase  37.13 
 
 		 341 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00294748  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2433  homoserine dehydrogenase  35.38 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.473371  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2608  homoserine dehydrogenase  35.38 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2625  homoserine dehydrogenase  35.38 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000469823 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2388  homoserine dehydrogenase  35.09 
 
 		 347 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.286654  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2743  homoserine dehydrogenase  36.23 
 
 		 341 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.132697  hitchhiker  0.00000150088 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2354  homoserine dehydrogenase  35.19 
 
 		 347 aa  205  9e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2664  homoserine dehydrogenase  35.84 
 
 		 346 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2626  homoserine dehydrogenase  35.84 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000765985  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2580  homoserine dehydrogenase  35.33 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2086  homoserine dehydrogenase  37.24 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2987  homoserine dehydrogenase  36.44 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1209  homoserine dehydrogenase  30.18 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1087  homoserine dehydrogenase  33.43 
 
 		 331 aa  172  1e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0696  homoserine dehydrogenase  32.55 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1898  homoserine dehydrogenase  31.33 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.866651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5063  homoserine dehydrogenase  32.55 
 
 		 353 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0506  Homoserine dehydrogenase  35.35 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.614474  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0698  homoserine dehydrogenase  35.5 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  0.0139145 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0969  homoserine dehydrogenase  29.2 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1993  homoserine dehydrogenase  31.23 
 
 		 328 aa  162  1e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.186855 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0977  homoserine dehydrogenase  28.53 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1704  homoserine dehydrogenase  28.24 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.54708  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0664  homoserine dehydrogenase  35.21 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1004  homoserine dehydrogenase  28.12 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0971  homoserine dehydrogenase  31.83 
 
 		 328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0496504  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2292  homoserine dehydrogenase  32.93 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1231  homoserine dehydrogenase  31.42 
 
 		 456 aa  149  6e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000217271 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  32.11 
 
 		 440 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3560  homoserine dehydrogenase  32.65 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0845  homoserine dehydrogenase  29.52 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.632619  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0280  Homoserine dehydrogenase  31.71 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26330  homoserine dehydrogenase  29.85 
 
 		 440 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1971  homoserine dehydrogenase  31.34 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0199939  normal  0.403666 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0481  homoserine dehydrogenase  32.64 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0786  homoserine dehydrogenase  34.6 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6797  homoserine dehydrogenase  34.01 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2574  Homoserine dehydrogenase  33.33 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1073  homoserine dehydrogenase  35.5 
 
 		 431 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.830496  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4844  homoserine dehydrogenase  32.65 
 
 		 359 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0895528 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  31.88 
 
 		 441 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1559  homoserine dehydrogenase  32.19 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4289  homoserine dehydrogenase  33.72 
 
 		 374 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0299295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1545  homoserine dehydrogenase  31.88 
 
 		 441 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.927693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  35.29 
 
 		 436 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3264  homoserine dehydrogenase  33.24 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4165  homoserine dehydrogenase  30.32 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.250616 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1280  homoserine dehydrogenase  26.83 
 
 		 428 aa  134  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000268679  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1120  homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 427 aa  132  6e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  31 
 
 		 439 aa  132  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  30.77 
 
 		 449 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  31.31 
 
 		 439 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  31 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2003  homoserine dehydrogenase  29.32 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  30.72 
 
 		 431 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1481  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 431 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  29.7 
 
 		 438 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0669  Homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 441 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2233  Homoserine dehydrogenase  34.35 
 
 		 429 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1607  homoserine dehydrogenase  31.14 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.71025  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1354  homoserine dehydrogenase  29.73 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0271184  normal  0.0214619 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0506  homoserine dehydrogenase  31.76 
 
 		 428 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09870  homoserine dehydrogenase  33.94 
 
 		 436 aa  129  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.469358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2731  homoserine dehydrogenase  32.52 
 
 		 429 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5102  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 431 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000707166  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4040  Homoserine dehydrogenase  33.9 
 
 		 350 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5256  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 417 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5085  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.2100400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5527  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000793551  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  29.19 
 
 		 436 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5654  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 417 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2243  homoserine dehydrogenase  32.03 
 
 		 440 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.550813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5583  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5197  homoserine dehydrogenase  28.4 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000108482  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5499  homoserine dehydrogenase  28.31 
 
 		 431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2279  homoserine dehydrogenase  33.61 
 
 		 440 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.010802  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  31.5 
 
 		 439 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3931  homoserine dehydrogenase  33.62 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  30.58 
 
 		 438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1967  homoserine dehydrogenase  32.03 
 
 		 440 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  32.54 
 
 		 440 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  33.47 
 
 		 435 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  30.52 
 
 		 428 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3923  homoserine dehydrogenase  28.23 
 
 		 431 aa  126  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5533  homoserine dehydrogenase  28.01 
 
 		 431 aa  126  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000461441  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  29.68 
 
 		 436 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4731  homoserine dehydrogenase  33.64 
 
 		 444 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0286  homoserine dehydrogenase  26.63 
 
 		 433 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1922  homoserine dehydrogenase  32.35 
 
 		 440 aa  126  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  30.06 
 
 		 444 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1716  Homoserine dehydrogenase  28.13 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1959  Homoserine dehydrogenase  27.33 
 
 		 418 aa  125  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000138202  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1386  Homoserine dehydrogenase  31.96 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000335812  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  29.89 
 
 		 438 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2273  homoserine dehydrogenase  33.33 
 
 		 428 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2698  homoserine dehydrogenase  32.95 
 
 		 440 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.491627 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  27.71 
 
 		 431 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1546  homoserine dehydrogenase  26.96 
 
 		 432 aa  124  2e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1833  homoserine dehydrogenase  31.33 
 
 		 431 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000106835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>