More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1231 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1231  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 456 aa  925    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000217271 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1607  homoserine dehydrogenase  55.95 
 
 		 438 aa  458  9.999999999999999e-129  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.71025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1744  homoserine dehydrogenase  48.37 
 
 		 441 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09870  homoserine dehydrogenase  48.46 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.469358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19340  homoserine dehydrogenase  50.39 
 
 		 455 aa  352  7e-96  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.835158  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6156  homoserine dehydrogenase  53.08 
 
 		 437 aa  352  1e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29960  homoserine dehydrogenase  46.7 
 
 		 435 aa  348  1e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.316123 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1252  Homoserine dehydrogenase  47.03 
 
 		 450 aa  340  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.920138  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3939  Homoserine dehydrogenase  48.33 
 
 		 437 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1790  Homoserine dehydrogenase  55.85 
 
 		 433 aa  339  5e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1005  homoserine dehydrogenase  45.41 
 
 		 439 aa  334  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2465  Homoserine dehydrogenase  46.89 
 
 		 439 aa  333  4e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.202426  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1199  homoserine dehydrogenase  44.77 
 
 		 448 aa  332  1e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2356  homoserine dehydrogenase  45.81 
 
 		 442 aa  331  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156254 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0879  homoserine dehydrogenase  46.98 
 
 		 435 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.150193  normal  0.561705 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1055  Homoserine dehydrogenase  46.49 
 
 		 438 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0998608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1901  Homoserine dehydrogenase  52.74 
 
 		 448 aa  328  2.0000000000000001e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2623  homoserine dehydrogenase  45.13 
 
 		 438 aa  327  3e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.760632  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2424  homoserine dehydrogenase  55.25 
 
 		 431 aa  325  8.000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.167017  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4153  Homoserine dehydrogenase  46.67 
 
 		 430 aa  324  2e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.302378  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0630  homoserine dehydrogenase  44.97 
 
 		 431 aa  324  3e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.166323  hitchhiker  0.00270815 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1638  Homoserine dehydrogenase  47.19 
 
 		 430 aa  322  9.999999999999999e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.184904  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08020  homoserine dehydrogenase  48.03 
 
 		 440 aa  319  6e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0318  Homoserine dehydrogenase  45.97 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.852555  normal  0.23744 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3725  homoserine dehydrogenase  44.04 
 
 		 427 aa  314  1.9999999999999998e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1281  Homoserine dehydrogenase  46.97 
 
 		 428 aa  312  6.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0445091  normal  0.213455 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  43.78 
 
 		 431 aa  311  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4348  homoserine dehydrogenase  47.23 
 
 		 438 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.359179  normal  0.202085 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1230  Homoserine dehydrogenase  45.25 
 
 		 438 aa  310  5e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3882  homoserine dehydrogenase  45.74 
 
 		 445 aa  309  5.9999999999999995e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.5608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2298  homoserine dehydrogenase  47.11 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.5917 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3896  homoserine dehydrogenase  45.53 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.519446  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3970  homoserine dehydrogenase  45.53 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.781726 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  44.32 
 
 		 430 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  40.89 
 
 		 427 aa  300  3e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  45.15 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11321  homoserine dehydrogenase  45.65 
 
 		 441 aa  295  8e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4033  homoserine dehydrogenase  50.82 
 
 		 437 aa  295  1e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5546  Homoserine dehydrogenase  44.07 
 
 		 434 aa  294  3e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.195422 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  40.22 
 
 		 439 aa  289  7e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2095  Homoserine dehydrogenase  55.9 
 
 		 439 aa  287  2.9999999999999996e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000399593  normal  0.0872983 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2114  homoserine dehydrogenase  48.5 
 
 		 435 aa  286  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0831513 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2233  Homoserine dehydrogenase  45.45 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3651  homoserine dehydrogenase  45.69 
 
 		 437 aa  281  2e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2090  homoserine dehydrogenase  42.97 
 
 		 445 aa  280  4e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5197  homoserine dehydrogenase  41.79 
 
 		 431 aa  279  9e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000108482  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  41.09 
 
 		 431 aa  278  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3603  homoserine dehydrogenase  41.69 
 
 		 400 aa  277  3e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000021314  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5527  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 431 aa  277  4e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000793551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5102  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 431 aa  276  5e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000707166  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4567  homoserine dehydrogenase  37.39 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0286  homoserine dehydrogenase  45.96 
 
 		 433 aa  276  8e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5085  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 431 aa  275  9e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.2100400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5499  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 431 aa  275  9e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5583  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 431 aa  275  9e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  45.95 
 
 		 438 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  38.24 
 
 		 436 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2896  homoserine dehydrogenase  41.77 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000776589  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3923  homoserine dehydrogenase  41.19 
 
 		 431 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  48.31 
 
 		 444 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5533  homoserine dehydrogenase  40.57 
 
 		 431 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000461441  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0799  homoserine dehydrogenase  46.58 
 
 		 432 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  46.13 
 
 		 440 aa  273  6e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  47.68 
 
 		 436 aa  272  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0827  homoserine dehydrogenase  46.27 
 
 		 432 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  38.86 
 
 		 440 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  46.65 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  47.11 
 
 		 436 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  39.43 
 
 		 448 aa  272  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  40.7 
 
 		 428 aa  271  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  51.24 
 
 		 432 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  46.79 
 
 		 452 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5256  homoserine dehydrogenase  40.05 
 
 		 417 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  39.04 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  36.11 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5654  homoserine dehydrogenase  40.05 
 
 		 417 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  38.82 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  43.49 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  37.58 
 
 		 436 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  45.54 
 
 		 449 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  38.82 
 
 		 443 aa  266  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1959  Homoserine dehydrogenase  42.9 
 
 		 418 aa  265  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000138202  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1452  homoserine dehydrogenase  42.05 
 
 		 414 aa  265  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0556341  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1833  homoserine dehydrogenase  38.44 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000106835  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  36.28 
 
 		 436 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  37.77 
 
 		 438 aa  264  3e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2073  homoserine dehydrogenase  37.92 
 
 		 431 aa  263  4e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000583886  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  39.04 
 
 		 442 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  39.04 
 
 		 442 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  39.04 
 
 		 442 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3041  homoserine dehydrogenase  40.83 
 
 		 432 aa  262  8e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  38.38 
 
 		 447 aa  262  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1799  homoserine dehydrogenase  38.12 
 
 		 431 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000101112  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1782  homoserine dehydrogenase  37.82 
 
 		 431 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000962498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  43.36 
 
 		 436 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2002  homoserine dehydrogenase  38.12 
 
 		 431 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.97211e-42 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1073  homoserine dehydrogenase  45.25 
 
 		 431 aa  262  8.999999999999999e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.830496  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  47.24 
 
 		 442 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  37.58 
 
 		 436 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1970  homoserine dehydrogenase  38.08 
 
 		 431 aa  262  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000450684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>