More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1792 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  77.38 
 
 
439 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  90.97 
 
 
443 aa  796    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  76.24 
 
 
436 aa  676    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  71.04 
 
 
448 aa  639    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  99.55 
 
 
442 aa  874    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  96.15 
 
 
442 aa  824    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  95.93 
 
 
442 aa  820    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  72.56 
 
 
435 aa  647    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  92.08 
 
 
442 aa  784    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  77.83 
 
 
439 aa  659    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  96.15 
 
 
442 aa  846    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  90.07 
 
 
443 aa  794    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  76.92 
 
 
436 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  95.93 
 
 
442 aa  844    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  89.62 
 
 
443 aa  792    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  77.6 
 
 
439 aa  657    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  100 
 
 
442 aa  879    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  95.93 
 
 
442 aa  844    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  93.21 
 
 
442 aa  792    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  69.98 
 
 
440 aa  625  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  70.36 
 
 
436 aa  626  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  70.88 
 
 
438 aa  624  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  70.02 
 
 
444 aa  623  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  69.46 
 
 
436 aa  618  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  68.14 
 
 
449 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  67.87 
 
 
447 aa  616  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  69.61 
 
 
439 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  67.4 
 
 
452 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  68.33 
 
 
437 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  68.33 
 
 
437 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2663  homoserine dehydrogenase  68.01 
 
 
444 aa  598  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  70.59 
 
 
436 aa  596  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  67.25 
 
 
453 aa  585  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  67.25 
 
 
453 aa  585  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  70.81 
 
 
437 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1541  homoserine dehydrogenase  70.05 
 
 
438 aa  578  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  62.9 
 
 
434 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  63.12 
 
 
434 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  62.67 
 
 
434 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  62.22 
 
 
434 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  61.94 
 
 
434 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  61.76 
 
 
434 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  61.76 
 
 
463 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  61.94 
 
 
434 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  61.94 
 
 
434 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  61.76 
 
 
436 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  61.71 
 
 
439 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  61.76 
 
 
434 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  56.46 
 
 
433 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  59.41 
 
 
436 aa  501  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  59.86 
 
 
436 aa  501  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  62.3 
 
 
436 aa  499  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  59.64 
 
 
440 aa  499  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  57.05 
 
 
440 aa  499  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  60.14 
 
 
437 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  56.56 
 
 
436 aa  496  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  60.77 
 
 
437 aa  492  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  56.11 
 
 
433 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  57.42 
 
 
449 aa  470  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  53.15 
 
 
438 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  55.32 
 
 
450 aa  463  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2010  homoserine dehydrogenase  50.33 
 
 
445 aa  435  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000414031  normal  0.35034 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0279  homoserine dehydrogenase  50.76 
 
 
448 aa  428  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00103779  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0253  homoserine dehydrogenase  50.76 
 
 
448 aa  427  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000322184  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2035  Homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 
452 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  48.52 
 
 
440 aa  405  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  47.06 
 
 
439 aa  401  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0011  homoserine dehydrogenase  55.1 
 
 
466 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  47.27 
 
 
437 aa  377  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  44.65 
 
 
438 aa  377  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  45.72 
 
 
436 aa  372  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  44.65 
 
 
436 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  44.67 
 
 
439 aa  371  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  44.65 
 
 
436 aa  369  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  45.45 
 
 
436 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  44.87 
 
 
436 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  43.96 
 
 
436 aa  366  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  45.02 
 
 
438 aa  367  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  46.22 
 
 
430 aa  363  2e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  44.32 
 
 
431 aa  361  1e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  46.85 
 
 
427 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  44.87 
 
 
428 aa  356  3.9999999999999996e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5333  homoserine dehydrogenase  43.73 
 
 
433 aa  355  7.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.767379 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1413  Homoserine dehydrogenase  44.32 
 
 
427 aa  354  2e-96  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2251  Homoserine dehydrogenase  44.75 
 
 
437 aa  351  2e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  43.74 
 
 
432 aa  350  4e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  47.14 
 
 
429 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1964  Homoserine dehydrogenase  43.15 
 
 
442 aa  344  1e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.052998  hitchhiker  0.000903796 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2094  homoserine dehydrogenase  45.41 
 
 
424 aa  342  7e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.547464  normal  0.0709018 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  43.18 
 
 
423 aa  342  9e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  45.11 
 
 
432 aa  341  1e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2114  homoserine dehydrogenase  44.85 
 
 
435 aa  340  2e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0831513 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1073  homoserine dehydrogenase  45.61 
 
 
431 aa  340  2.9999999999999998e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.830496  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  42.14 
 
 
440 aa  339  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>