More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2279 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  76.94 
 
 		 440 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  80.82 
 
 		 441 aa  723    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  72.08 
 
 		 439 aa  649    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1545  homoserine dehydrogenase  80.59 
 
 		 441 aa  725    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.927693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2279  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 440 aa  886    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.010802  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  70.48 
 
 		 439 aa  633  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  70.48 
 
 		 439 aa  632  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  71.1 
 
 		 436 aa  616  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1967  homoserine dehydrogenase  61.4 
 
 		 440 aa  498  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2243  homoserine dehydrogenase  61.17 
 
 		 440 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.550813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3264  homoserine dehydrogenase  59.14 
 
 		 440 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2698  homoserine dehydrogenase  58.92 
 
 		 440 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.491627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1922  homoserine dehydrogenase  60.95 
 
 		 440 aa  489  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  56.66 
 
 		 440 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1387  homoserine dehydrogenase  57.57 
 
 		 433 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2919  homoserine dehydrogenase  58.37 
 
 		 438 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  58.45 
 
 		 435 aa  481  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2783  homoserine dehydrogenase  55.86 
 
 		 441 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3521  homoserine dehydrogenase  59.03 
 
 		 428 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.843712 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2309  homoserine dehydrogenase  56.21 
 
 		 440 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1647  homoserine dehydrogenase  55.76 
 
 		 440 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2966  homoserine dehydrogenase  54.85 
 
 		 440 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2495  homoserine dehydrogenase  54.65 
 
 		 439 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35731  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3996  homoserine dehydrogenase  54.52 
 
 		 439 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  50.11 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  50 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2998  homoserine dehydrogenase  47.83 
 
 		 428 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.49984  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3678  homoserine dehydrogenase  49.31 
 
 		 438 aa  406  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0403  homoserine dehydrogenase  48.39 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2057  homoserine dehydrogenase  48.39 
 
 		 428 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0834  homoserine dehydrogenase  47.71 
 
 		 428 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.354577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  49.66 
 
 		 437 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2273  homoserine dehydrogenase  46.21 
 
 		 428 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2164  homoserine dehydrogenase  46.22 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0414769 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  48.39 
 
 		 429 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4731  homoserine dehydrogenase  47 
 
 		 444 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  43.81 
 
 		 436 aa  347  2e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0019  homoserine dehydrogenase  44.87 
 
 		 435 aa  346  6e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  46 
 
 		 436 aa  343  5e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  42.26 
 
 		 436 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  43.42 
 
 		 436 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  43.68 
 
 		 438 aa  338  8e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  42.69 
 
 		 436 aa  338  8e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  43.88 
 
 		 436 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1144  homoserine dehydrogenase  44.01 
 
 		 420 aa  334  1e-90  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.233501  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  43.22 
 
 		 433 aa  330  3e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  42.99 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  41.01 
 
 		 436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  42.99 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  42.2 
 
 		 439 aa  328  1.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  43.45 
 
 		 434 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  41.97 
 
 		 439 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  42.76 
 
 		 434 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  42.86 
 
 		 437 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  42.86 
 
 		 437 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  42.49 
 
 		 436 aa  323  4e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  45.31 
 
 		 436 aa  322  6e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  41.91 
 
 		 442 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  42.92 
 
 		 439 aa  322  7e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  42.14 
 
 		 442 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  43.25 
 
 		 434 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  43.09 
 
 		 463 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  41.82 
 
 		 443 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  43.24 
 
 		 440 aa  322  9.999999999999999e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  42.37 
 
 		 442 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  42.37 
 
 		 442 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  40.78 
 
 		 438 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1414  homoserine dehydrogenase  41.8 
 
 		 417 aa  321  1.9999999999999998e-86  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  42.14 
 
 		 442 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  41.74 
 
 		 423 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  42.3 
 
 		 434 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  43.48 
 
 		 434 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  44.07 
 
 		 437 aa  320  5e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  39.35 
 
 		 428 aa  319  6e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  43.68 
 
 		 439 aa  318  9e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  42.89 
 
 		 439 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  41.04 
 
 		 440 aa  317  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  41.36 
 
 		 443 aa  316  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  41.23 
 
 		 442 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  42.4 
 
 		 434 aa  316  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  42.65 
 
 		 439 aa  316  7e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0185  homoserine dehydrogenase  40.18 
 
 		 415 aa  316  7e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  41.19 
 
 		 436 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  43.23 
 
 		 436 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  41.38 
 
 		 435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  43.21 
 
 		 449 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  41.36 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  43.32 
 
 		 433 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  42.63 
 
 		 437 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  44.73 
 
 		 449 aa  313  3.9999999999999997e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  41.32 
 
 		 436 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  43.13 
 
 		 439 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  42.52 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  42.28 
 
 		 442 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>