More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4289 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6797  homoserine dehydrogenase  97.49 
 
 		 359 aa  696    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4844  homoserine dehydrogenase  98.05 
 
 		 359 aa  703    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0895528 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4289  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 374 aa  749    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0299295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5063  homoserine dehydrogenase  48.47 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3560  homoserine dehydrogenase  50.44 
 
 		 349 aa  303  4.0000000000000003e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0698  homoserine dehydrogenase  49.57 
 
 		 347 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  0.0139145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0664  homoserine dehydrogenase  48.72 
 
 		 347 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2086  homoserine dehydrogenase  44.35 
 
 		 355 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2987  homoserine dehydrogenase  43.19 
 
 		 353 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0506  Homoserine dehydrogenase  40.63 
 
 		 336 aa  222  6e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.614474  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1993  homoserine dehydrogenase  38.79 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.186855 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0696  homoserine dehydrogenase  37.04 
 
 		 336 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0971  homoserine dehydrogenase  39.08 
 
 		 328 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0496504  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1087  homoserine dehydrogenase  36.71 
 
 		 331 aa  195  1e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2292  homoserine dehydrogenase  37.14 
 
 		 330 aa  193  5e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4040  Homoserine dehydrogenase  40.06 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4165  homoserine dehydrogenase  36.26 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.250616 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1354  homoserine dehydrogenase  37.61 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0271184  normal  0.0214619 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3931  homoserine dehydrogenase  40.63 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0481  homoserine dehydrogenase  36.13 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4072  Homoserine dehydrogenase  40.35 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1004  homoserine dehydrogenase  33.62 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1704  homoserine dehydrogenase  33.33 
 
 		 337 aa  179  7e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.54708  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0845  homoserine dehydrogenase  35.23 
 
 		 335 aa  173  5e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.632619  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0977  homoserine dehydrogenase  32.76 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1898  homoserine dehydrogenase  35 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.866651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1209  homoserine dehydrogenase  33.05 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0969  homoserine dehydrogenase  32.76 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1716  Homoserine dehydrogenase  33.14 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0669  Homoserine dehydrogenase  32.96 
 
 		 441 aa  169  8e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  35.41 
 
 		 440 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  32.68 
 
 		 440 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0506  homoserine dehydrogenase  32.2 
 
 		 428 aa  161  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4567  homoserine dehydrogenase  36.95 
 
 		 434 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1452  homoserine dehydrogenase  31.48 
 
 		 414 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0556341  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1959  Homoserine dehydrogenase  30.11 
 
 		 418 aa  159  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000138202  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1120  homoserine dehydrogenase  31.36 
 
 		 427 aa  159  8e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2003  homoserine dehydrogenase  33.9 
 
 		 317 aa  159  8e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3603  homoserine dehydrogenase  31.34 
 
 		 400 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000021314  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5533  homoserine dehydrogenase  31.53 
 
 		 431 aa  157  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000461441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  32.3 
 
 		 436 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2311  homoserine dehydrogenase  34.36 
 
 		 418 aa  156  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0888168  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2090  homoserine dehydrogenase  32.32 
 
 		 445 aa  156  7e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  31.81 
 
 		 439 aa  155  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2625  homoserine dehydrogenase  30.59 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000469823 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2433  homoserine dehydrogenase  30.59 
 
 		 347 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.473371  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2608  homoserine dehydrogenase  30.59 
 
 		 347 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2388  homoserine dehydrogenase  30.31 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.286654  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0897  homoserine dehydrogenase  30.84 
 
 		 426 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000316275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5256  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5085  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 431 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.2100400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5102  homoserine dehydrogenase  31.53 
 
 		 431 aa  155  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000707166  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  32.09 
 
 		 436 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5654  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5583  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 431 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5499  homoserine dehydrogenase  31.25 
 
 		 431 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  31.81 
 
 		 439 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5527  homoserine dehydrogenase  31.53 
 
 		 431 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000793551  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5197  homoserine dehydrogenase  31.53 
 
 		 431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000108482  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  31.81 
 
 		 439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0704  homoserine dehydrogenase  38.82 
 
 		 435 aa  153  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.320158  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3357  homoserine dehydrogenase  31.82 
 
 		 431 aa  153  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000776779  hitchhiker  0.0000000000000153731 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1833  homoserine dehydrogenase  30.88 
 
 		 431 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000106835  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1546  homoserine dehydrogenase  31.05 
 
 		 432 aa  153  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  33.52 
 
 		 438 aa  153  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3923  homoserine dehydrogenase  36.29 
 
 		 431 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1376  homoserine dehydrogenase  33.98 
 
 		 415 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  31.18 
 
 		 436 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  37.61 
 
 		 436 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2051  homoserine dehydrogenase  32.36 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000682856  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1799  homoserine dehydrogenase  30.29 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000101112  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1782  homoserine dehydrogenase  31.16 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000962498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2354  homoserine dehydrogenase  30.03 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2002  homoserine dehydrogenase  30.29 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.97211e-42 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  30.97 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  32.19 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2626  homoserine dehydrogenase  28.98 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000765985  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2664  homoserine dehydrogenase  28.98 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1792  Homoserine dehydrogenase  38.2 
 
 		 410 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.776868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  31.56 
 
 		 431 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1825  homoserine dehydrogenase  31.16 
 
 		 431 aa  150  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000204455  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1968  homoserine dehydrogenase  31.16 
 
 		 431 aa  150  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000153616  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2526  homoserine dehydrogenase  30.11 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00294748  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  29.36 
 
 		 432 aa  150  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11401  homoserine dehydrogenase  38.68 
 
 		 438 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.814686 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1496  homoserine dehydrogenase  30.29 
 
 		 431 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000888865  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  31.07 
 
 		 436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2896  homoserine dehydrogenase  36.33 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000776589  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  31.2 
 
 		 440 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1389  homoserine dehydrogenase  30.37 
 
 		 426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000156596  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2073  homoserine dehydrogenase  30.08 
 
 		 431 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000583886  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1416  homoserine dehydrogenase  30.37 
 
 		 426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000188311  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2233  Homoserine dehydrogenase  37.45 
 
 		 429 aa  147  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  37.39 
 
 		 441 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1280  homoserine dehydrogenase  29.67 
 
 		 428 aa  147  3e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000268679  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  35.31 
 
 		 439 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0799  homoserine dehydrogenase  37.5 
 
 		 432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  30.31 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2966  homoserine dehydrogenase  34.15 
 
 		 440 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1970  homoserine dehydrogenase  31.36 
 
 		 431 aa  146  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000450684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>