More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2966 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1647  homoserine dehydrogenase  79.55 
 
 		 440 aa  679    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2783  homoserine dehydrogenase  89.8 
 
 		 441 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2966  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 440 aa  876    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  84.55 
 
 		 440 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2495  homoserine dehydrogenase  94.95 
 
 		 439 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35731  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2309  homoserine dehydrogenase  80.91 
 
 		 440 aa  687    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3996  homoserine dehydrogenase  82.21 
 
 		 439 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1387  homoserine dehydrogenase  61.09 
 
 		 433 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  61.82 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3264  homoserine dehydrogenase  60.23 
 
 		 440 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1967  homoserine dehydrogenase  60 
 
 		 440 aa  503  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2243  homoserine dehydrogenase  59.77 
 
 		 440 aa  502  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.550813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1922  homoserine dehydrogenase  60.23 
 
 		 440 aa  498  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2919  homoserine dehydrogenase  59.77 
 
 		 438 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  55.98 
 
 		 440 aa  491  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2698  homoserine dehydrogenase  59.09 
 
 		 440 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.491627 
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  55.08 
 
 		 439 aa  487  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  55.18 
 
 		 439 aa  484  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  54.85 
 
 		 439 aa  483  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  54.63 
 
 		 441 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1545  homoserine dehydrogenase  54.18 
 
 		 441 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.927693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2279  homoserine dehydrogenase  54.85 
 
 		 440 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.010802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3521  homoserine dehydrogenase  60.36 
 
 		 428 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.843712 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  55.08 
 
 		 436 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  51.83 
 
 		 438 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2273  homoserine dehydrogenase  50 
 
 		 428 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2998  homoserine dehydrogenase  48.86 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.49984  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  49.2 
 
 		 430 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0403  homoserine dehydrogenase  47.15 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  51.03 
 
 		 429 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0834  homoserine dehydrogenase  47.38 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.354577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2057  homoserine dehydrogenase  46.92 
 
 		 428 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3678  homoserine dehydrogenase  46.58 
 
 		 438 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  49.31 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2164  homoserine dehydrogenase  46.71 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0414769 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4731  homoserine dehydrogenase  47.14 
 
 		 444 aa  353  4e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  45.15 
 
 		 436 aa  349  5e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  44.9 
 
 		 436 aa  334  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 436 aa  331  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  44.14 
 
 		 440 aa  330  3e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  41.63 
 
 		 436 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0019  homoserine dehydrogenase  43.21 
 
 		 435 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 436 aa  326  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  44.67 
 
 		 433 aa  325  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  41.4 
 
 		 436 aa  324  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  44.12 
 
 		 437 aa  323  6e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  41.4 
 
 		 438 aa  322  7e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  45.41 
 
 		 440 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  45.41 
 
 		 436 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  43.02 
 
 		 463 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  40.77 
 
 		 439 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  41.18 
 
 		 433 aa  319  6e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  42.31 
 
 		 439 aa  319  7.999999999999999e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 434 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 434 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  42.66 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 434 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  41.86 
 
 		 439 aa  317  3e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  39.86 
 
 		 428 aa  317  3e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  41.63 
 
 		 437 aa  316  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  41.63 
 
 		 437 aa  316  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  42.66 
 
 		 434 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  42.4 
 
 		 434 aa  316  6e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  44.42 
 
 		 437 aa  315  8e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  41.95 
 
 		 434 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  39.14 
 
 		 436 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  44.44 
 
 		 436 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  42.11 
 
 		 449 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  43.37 
 
 		 439 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  39.37 
 
 		 436 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  44.64 
 
 		 449 aa  310  4e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  43.99 
 
 		 450 aa  309  8e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  40.99 
 
 		 442 aa  308  9e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  40.13 
 
 		 438 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  40.99 
 
 		 443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  46.15 
 
 		 437 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  40.98 
 
 		 436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  40.99 
 
 		 443 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  40.99 
 
 		 442 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  40.99 
 
 		 442 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  38.91 
 
 		 438 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0498  Homoserine dehydrogenase  38.64 
 
 		 441 aa  302  1e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  40.77 
 
 		 442 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  40.77 
 
 		 442 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  40.14 
 
 		 440 aa  302  1e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  40.53 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  40.61 
 
 		 436 aa  300  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  40.32 
 
 		 442 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  39.49 
 
 		 448 aa  300  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  40.33 
 
 		 436 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  40.33 
 
 		 440 aa  299  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  40.49 
 
 		 444 aa  299  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  41.49 
 
 		 439 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  41.26 
 
 		 439 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  41.55 
 
 		 447 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  39.64 
 
 		 435 aa  297  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  40.49 
 
 		 443 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0185  homoserine dehydrogenase  38.53 
 
 		 415 aa  296  4e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  40.23 
 
 		 423 aa  296  5e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>