More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2164 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2273  homoserine dehydrogenase  76.53 
 
 		 428 aa  640    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2164  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 428 aa  852    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0414769 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3678  homoserine dehydrogenase  72.83 
 
 		 438 aa  621  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2998  homoserine dehydrogenase  72.43 
 
 		 428 aa  615  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.49984  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0834  homoserine dehydrogenase  73.13 
 
 		 428 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.354577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0403  homoserine dehydrogenase  72.66 
 
 		 428 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2057  homoserine dehydrogenase  72.43 
 
 		 428 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  50.69 
 
 		 430 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1387  homoserine dehydrogenase  48.63 
 
 		 433 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1739  homoserine dehydrogenase  47.13 
 
 		 441 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150104 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  49.89 
 
 		 438 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  49.54 
 
 		 439 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  49.54 
 
 		 437 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  47.82 
 
 		 440 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1545  homoserine dehydrogenase  46.67 
 
 		 441 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.927693  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1274  homoserine dehydrogenase  48.39 
 
 		 439 aa  388  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61587  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  48.39 
 
 		 439 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2279  homoserine dehydrogenase  46.22 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.010802  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  48.73 
 
 		 435 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  47.58 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3264  homoserine dehydrogenase  48.17 
 
 		 440 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2698  homoserine dehydrogenase  47.95 
 
 		 440 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.491627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2816  homoserine dehydrogenase  46.24 
 
 		 440 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4731  homoserine dehydrogenase  48.6 
 
 		 444 aa  371  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0019  homoserine dehydrogenase  47.58 
 
 		 435 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2243  homoserine dehydrogenase  48.18 
 
 		 440 aa  359  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.550813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3996  homoserine dehydrogenase  46.92 
 
 		 439 aa  359  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3521  homoserine dehydrogenase  49.3 
 
 		 428 aa  359  6e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.843712 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1967  homoserine dehydrogenase  47.95 
 
 		 440 aa  359  7e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2919  homoserine dehydrogenase  47.37 
 
 		 438 aa  353  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  49.31 
 
 		 429 aa  353  4e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2966  homoserine dehydrogenase  46.71 
 
 		 440 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2495  homoserine dehydrogenase  47.14 
 
 		 439 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35731  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2783  homoserine dehydrogenase  46.38 
 
 		 441 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1922  homoserine dehydrogenase  47.72 
 
 		 440 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1647  homoserine dehydrogenase  46.24 
 
 		 440 aa  347  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2309  homoserine dehydrogenase  45.8 
 
 		 440 aa  345  7e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  43.55 
 
 		 439 aa  322  9.000000000000001e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  41.38 
 
 		 436 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  40.18 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  39.54 
 
 		 436 aa  316  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  40.37 
 
 		 436 aa  316  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  39.49 
 
 		 436 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  41.38 
 
 		 436 aa  311  1e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  40.23 
 
 		 440 aa  309  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  39.49 
 
 		 436 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  39.54 
 
 		 463 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  39.95 
 
 		 444 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  39.32 
 
 		 447 aa  305  7e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  37.82 
 
 		 436 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  40.73 
 
 		 432 aa  305  9.000000000000001e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  39.29 
 
 		 432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  40.78 
 
 		 433 aa  302  7.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  38.85 
 
 		 434 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  40.32 
 
 		 440 aa  302  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  39.08 
 
 		 434 aa  301  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  37.7 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  38.76 
 
 		 437 aa  300  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  38.76 
 
 		 437 aa  300  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  38.68 
 
 		 431 aa  300  3e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  38.85 
 
 		 434 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  38.85 
 
 		 434 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  38.5 
 
 		 448 aa  299  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  40 
 
 		 437 aa  300  5e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  38.99 
 
 		 435 aa  299  7e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2809  Homoserine dehydrogenase  38.58 
 
 		 437 aa  298  9e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  37.53 
 
 		 439 aa  298  9e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  37.47 
 
 		 436 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  42.53 
 
 		 436 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  38.62 
 
 		 434 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  42.53 
 
 		 440 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  41.97 
 
 		 449 aa  297  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  39.27 
 
 		 438 aa  297  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  38.04 
 
 		 434 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  39.09 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  39.09 
 
 		 434 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  38.7 
 
 		 436 aa  293  4e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  41.18 
 
 		 427 aa  292  6e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  40.74 
 
 		 423 aa  292  7e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0810  homoserine dehydrogenase  46.15 
 
 		 444 aa  292  7e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0112934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  37.39 
 
 		 452 aa  292  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  36.71 
 
 		 428 aa  291  1e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  40.32 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  36.78 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  42.58 
 
 		 437 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1413  Homoserine dehydrogenase  37.04 
 
 		 427 aa  290  4e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  36.93 
 
 		 439 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6156  homoserine dehydrogenase  42.42 
 
 		 437 aa  288  9e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  36.96 
 
 		 436 aa  288  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  36.96 
 
 		 436 aa  288  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  37.25 
 
 		 443 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  39.54 
 
 		 438 aa  287  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2663  homoserine dehydrogenase  39.86 
 
 		 444 aa  288  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  37.47 
 
 		 443 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  41.38 
 
 		 436 aa  285  7e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2896  homoserine dehydrogenase  36.83 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000776589  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  37.81 
 
 		 433 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2298  homoserine dehydrogenase  43.71 
 
 		 438 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.5917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2731  homoserine dehydrogenase  39.95 
 
 		 429 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  36.83 
 
 		 431 aa  282  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>