108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1491 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1491  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.784951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3670  hypothetical protein  58.49 
 
 		 236 aa  267  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3471  hypothetical protein  58.49 
 
 		 236 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00958807 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3344  hypothetical protein  58.02 
 
 		 236 aa  265  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2597  hypothetical protein  36.27 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323808  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  32.54 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 255 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2218  regulatory protein TetR  31.9 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0300216  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3366  regulatory protein, TetR  35.14 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.402677  normal  0.315376 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0251  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 		 311 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 250 aa  53.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 193 aa  52.8  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 221 aa  52.4  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 278 aa  52  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 220 aa  52  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 304 aa  51.6  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4913  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.763615  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5002  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.827142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5281  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 267 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  40.54 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 234 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  23.24 
 
 		 236 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 		 253 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2121  hypothetical protein  44.12 
 
 		 204 aa  49.3  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 265 aa  48.9  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 293 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 212 aa  48.9  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 234 aa  48.5  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3543  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  48.5  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0364286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 249 aa  48.5  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 330 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2128  putative transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 249 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  36.46 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  31.37 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24780  transcriptional regulator, tetR family  33.71 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 255 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1322  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 173 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 245 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  30.53 
 
 		 226 aa  45.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 204 aa  46.2  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 248 aa  45.4  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  36.19 
 
 		 228 aa  45.4  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5781  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 235 aa  45.1  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  40 
 
 		 184 aa  44.7  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 257 aa  44.3  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  29.9 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 255 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  24.45 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 268 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 272 aa  43.5  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 249 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 207 aa  43.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 272 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  22.64 
 
 		 260 aa  42.7  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 250 aa  42.7  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 230 aa  42.7  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  29.79 
 
 		 207 aa  42.7  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  25.52 
 
 		 261 aa  42.4  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>