212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_1938 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009376  Pars_1938  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  100 
 
 		 276 aa  553  1e-156  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0932  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  81.68 
 
 		 274 aa  441  1e-123  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1380  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  82.66 
 
 		 273 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0835  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  79.2 
 
 		 274 aa  431  1e-120  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.127977 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0168  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  45.67 
 
 		 279 aa  229  4e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00118576  normal  0.188024 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0580  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  47.37 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0078  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  43.12 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.175337  hitchhiker  0.00423326 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0433  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  39.41 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00701931 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2507  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  40.75 
 
 		 260 aa  178  8e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.142847  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1361  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  37.64 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.918762  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1791  3' exoribonuclease  39.49 
 
 		 275 aa  176  3e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0998927  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0200  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  39.31 
 
 		 259 aa  175  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411269  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0181  3' exoribonuclease  39.78 
 
 		 270 aa  171  9e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0578869  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02010  exosome complex exonuclease rrp45, putative  30.36 
 
 		 281 aa  102  5e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08280  Opa-interacting protein OIP2, putative  33.98 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48173  predicted protein  28.52 
 
 		 764 aa  90.5  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.738632  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_59559  predicted protein  26.79 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06111  exosome complex endonuclease 2/ribosomal RNA processing protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08860)  27.56 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000000732301  normal  0.0523643 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30583  predicted protein  29.3 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0123665 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0581  exosome complex exonuclease 1  28 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15390  ribonuclease PH  28.63 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.547924  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5981  predicted protein  25.86 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00562126  normal  0.193352 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2256  ribonuclease PH  29.13 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000012272  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1532  ribonuclease PH  28.12 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000668093  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0551  ribonuclease PH  28.74 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3622  ribonuclease PH  27.34 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0193731  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  31.4 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0857  ribonuclease PH  26.36 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0105956  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1338  ribonuclease PH  27.06 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0519  ribonuclease PH  28.91 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  29.92 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1792  exosome complex exonuclease 1  26.88 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.315816  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  26.85 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  30.2 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  29.44 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  30.2 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1952  ribonuclease PH  27.98 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00230423  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  30.2 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_16560  predicted protein  25.99 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3206  ribonuclease PH  27.27 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  28.63 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  30.24 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5092  ribonuclease PH  29.3 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000962489  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0523  ribonuclease PH  25.68 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0077  exosome complex exonuclease Rrp41  28.45 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.206414  hitchhiker  0.00426445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  29.53 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2536  ribonuclease PH  27.34 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0273793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  29.3 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  29.53 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0167  exosome complex exonuclease 1  25 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000393056  normal  0.0873038 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2240  ribonuclease PH  26.17 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000519616  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0595  ribonuclease PH  26.19 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4389  ribonuclease PH  27.49 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000316498  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3656  ribonuclease PH  28.81 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00626897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20050  RNAse PH  25.86 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3763  ribonuclease PH  29.34 
 
 		 248 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  28.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2872  ribonuclease PH  27.89 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.51038  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  28.85 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1062  ribonuclease PH  29.39 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1381  exosome complex exonuclease Rrp41  38.46 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0182  exosome complex exonuclease 1  25.66 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000282409  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0165  ribonuclease PH  25.7 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0447089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2154  ribonuclease PH  25.87 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0933  exosome complex exonuclease Rrp41  38.46 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1865  ribonuclease PH  25.87 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3070  ribonuclease PH  28.63 
 
 		 239 aa  52.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000996913 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3035  ribonuclease PH  28.4 
 
 		 242 aa  52.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1073  ribonuclease PH  26.48 
 
 		 238 aa  52.8  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.213098  hitchhiker  0.00425328 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  26.92 
 
 		 237 aa  52.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  26.92 
 
 		 241 aa  52.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1937  exosome complex exonuclease Rrp41  38.46 
 
 		 246 aa  52.4  0.000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0836  exosome complex exonuclease Rrp41  37.36 
 
 		 246 aa  52.4  0.000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.903735  normal  0.0904415 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1782  ribonuclease PH  25.3 
 
 		 239 aa  51.6  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0405  ribonuclease PH  25.3 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0942  ribonuclease PH  29.96 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.485263  normal  0.641045 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0837  ribonuclease PH  24.22 
 
 		 258 aa  52  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  26.56 
 
 		 241 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1204  ribonuclease PH  27.82 
 
 		 239 aa  51.6  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0276527  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  26.92 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0432  exosome complex exonuclease 1  24.3 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0114185 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  26.85 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  26.46 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1971  ribonuclease PH  29.46 
 
 		 251 aa  51.6  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.402894  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2191  ribonuclease PH  25.61 
 
 		 238 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.184109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1505  ribonuclease PH  27.86 
 
 		 261 aa  50.8  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0634  ribonuclease PH  27.1 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000189888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  27.84 
 
 		 238 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2365  ribonuclease PH  26.85 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2030  ribonuclease PH  26.38 
 
 		 244 aa  49.7  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  25.98 
 
 		 238 aa  50.1  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  26.91 
 
 		 237 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2313  ribonuclease PH  29.06 
 
 		 252 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000980644 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1294  ribonuclease PH  27.06 
 
 		 260 aa  49.7  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  26.05 
 
 		 237 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1100  ribonuclease PH  28 
 
 		 241 aa  49.3  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4586  ribonuclease PH  26.72 
 
 		 245 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.410943  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4621  ribonuclease PH  26.72 
 
 		 245 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0007934  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  26.34 
 
 		 246 aa  48.9  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1289  ribonuclease PH  26.47 
 
 		 239 aa  48.9  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>