More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0010 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  100 
 
 		 241 aa  488  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  81.78 
 
 		 241 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  81.78 
 
 		 237 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  81.36 
 
 		 237 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  77.22 
 
 		 237 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2872  ribonuclease PH  76.37 
 
 		 237 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.51038  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0206  ribonuclease PH  78.95 
 
 		 209 aa  347  7e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.833302 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0254  ribonuclease PH  67.8 
 
 		 238 aa  322  5e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  64.14 
 
 		 238 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3580  ribonuclease PH  63.71 
 
 		 238 aa  314  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  62.18 
 
 		 239 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1080  ribonuclease PH  63.29 
 
 		 246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  61.76 
 
 		 239 aa  307  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  61.6 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0167  ribonuclease PH  61.51 
 
 		 242 aa  306  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0567  ribonuclease PH  65.68 
 
 		 238 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.444446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  62.55 
 
 		 243 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4253  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 237 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0469  ribonuclease PH  62.03 
 
 		 237 aa  302  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.221251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4763  ribonuclease PH  61.44 
 
 		 237 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0182  ribonuclease PH  63.03 
 
 		 238 aa  302  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0167  ribonuclease PH  63.03 
 
 		 238 aa  301  5.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.685694  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  64.26 
 
 		 244 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  61.44 
 
 		 237 aa  301  9e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0173  ribonuclease PH  62.61 
 
 		 238 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0778  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 237 aa  300  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225332  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0010  ribonuclease PH  61.76 
 
 		 239 aa  300  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000167054 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  64.26 
 
 		 244 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4325  ribonuclease PH  63.29 
 
 		 243 aa  299  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0401  ribonuclease PH  61.18 
 
 		 237 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0434  ribonuclease PH  61.18 
 
 		 237 aa  299  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197772  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 237 aa  298  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  61.7 
 
 		 246 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  61.7 
 
 		 246 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  61.7 
 
 		 246 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  60.92 
 
 		 238 aa  298  6e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  62.45 
 
 		 237 aa  298  7e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 246 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  62.29 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 246 aa  296  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2943  ribonuclease PH  61.6 
 
 		 237 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.773664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0193  ribonuclease PH  62.03 
 
 		 237 aa  295  3e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  61.6 
 
 		 237 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4016  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 238 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.761364  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 246 aa  295  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1664  ribonuclease PH  63.04 
 
 		 243 aa  295  5e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 242 aa  294  7e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  61.18 
 
 		 237 aa  294  9e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  61.51 
 
 		 239 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 237 aa  292  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 243 aa  292  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 241 aa  291  6e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2061  ribonuclease PH  64.16 
 
 		 227 aa  291  8e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  59.41 
 
 		 246 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  61.44 
 
 		 241 aa  291  9e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2151  ribonuclease PH  57.81 
 
 		 237 aa  290  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  60.85 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  60.43 
 
 		 242 aa  289  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  61.44 
 
 		 238 aa  289  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  60.43 
 
 		 242 aa  289  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  62.55 
 
 		 241 aa  287  8e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1629  ribonuclease PH  61.54 
 
 		 243 aa  287  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230363  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  59.32 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2477  ribonuclease PH  60.25 
 
 		 239 aa  286  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.804398  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  62.55 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  59.75 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1339  ribonuclease PH  60.08 
 
 		 243 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  59.15 
 
 		 246 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0066  ribonuclease PH  59.75 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3641  ribonuclease PH  58.65 
 
 		 240 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4571  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4586  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.410943  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4621  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0007934  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4377  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0247337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4218  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00495722  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4234  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4715  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000515992  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0634  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000189888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3202  ribonuclease PH  57.38 
 
 		 245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0193809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  59.92 
 
 		 237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  58.16 
 
 		 246 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4601  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 245 aa  282  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074165  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  58.4 
 
 		 238 aa  282  4.0000000000000003e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2684  ribonuclease PH  57.81 
 
 		 245 aa  282  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0123009  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  59.92 
 
 		 237 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 237 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0477  RNAse PH  59.91 
 
 		 244 aa  281  8.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3006  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 238 aa  281  9e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  58.9 
 
 		 238 aa  280  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  58.05 
 
 		 239 aa  280  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  58.05 
 
 		 238 aa  279  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1952  ribonuclease PH  59.32 
 
 		 258 aa  279  3e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00230423  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3579  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 253 aa  278  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.114203  normal  0.335877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 238 aa  278  5e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>