More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2507 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2507  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  100 
 
 		 260 aa  524  1e-148  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.142847  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0200  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  61.33 
 
 		 259 aa  327  8e-89  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411269  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1361  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  53.31 
 
 		 257 aa  300  2e-80  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.918762  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0181  3' exoribonuclease  49.01 
 
 		 270 aa  247  1e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0578869  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0433  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  44.02 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00701931 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0580  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  45.45 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1938  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  40.75 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0078  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  40.62 
 
 		 280 aa  189  5.999999999999999e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.175337  hitchhiker  0.00423326 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1791  3' exoribonuclease  40.62 
 
 		 275 aa  188  7e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0998927  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0168  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  42.21 
 
 		 279 aa  187  2e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00118576  normal  0.188024 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1380  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  41.43 
 
 		 273 aa  176  5e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0835  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  41.83 
 
 		 274 aa  175  5e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.127977 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0932  exosome complex RNA-binding protein Rrp42  38.49 
 
 		 274 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02010  exosome complex exonuclease rrp45, putative  29.51 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06111  exosome complex endonuclease 2/ribosomal RNA processing protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08860)  28.09 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000000732301  normal  0.0523643 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_59559  predicted protein  28.35 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08280  Opa-interacting protein OIP2, putative  34.52 
 
 		 297 aa  92  8e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30583  predicted protein  28.94 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0123665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  29.32 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5981  predicted protein  26.83 
 
 		 257 aa  72  0.000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00562126  normal  0.193352 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2191  ribonuclease PH  29.03 
 
 		 238 aa  72  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.184109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  28.92 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  28.92 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  28.8 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  28.8 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  28.51 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  27.64 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1952  ribonuclease PH  27.97 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00230423  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0857  ribonuclease PH  24.8 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0105956  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  27.64 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2154  ribonuclease PH  28.23 
 
 		 238 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  28.4 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  28.4 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  29.1 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0096  ribonuclease PH  29.73 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.50257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  26.75 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_16560  predicted protein  25.29 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1865  ribonuclease PH  27.82 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0062  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0551  ribonuclease PH  25.4 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2326  ribonuclease PH  25.42 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00168859  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4106  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0374298  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03500  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0681369  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0068  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  0.000000182868 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5013  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4068  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.010474  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3852  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0309904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03452  hypothetical protein  29.28 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0505808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3978  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.055913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  29.28 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2536  ribonuclease PH  25.3 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0273793  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1338  ribonuclease PH  23.81 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1073  ribonuclease PH  27.24 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.213098  hitchhiker  0.00425328 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0519  ribonuclease PH  25.96 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0153  ribonuclease PH  29.73 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2240  ribonuclease PH  25.74 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000519616  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15390  ribonuclease PH  26.18 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.547924  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1532  ribonuclease PH  25.31 
 
 		 248 aa  62  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000668093  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0581  exosome complex exonuclease 1  26.03 
 
 		 245 aa  62  0.000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4121  ribonuclease PH  28.83 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.790075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3933  ribonuclease PH  28.83 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.310122  hitchhiker  0.0000391387 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4060  ribonuclease PH  28.83 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.944116 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3443  ribonuclease PH  26.61 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12235  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3951  ribonuclease PH  28.83 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3507  ribonuclease PH  26.61 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4014  ribonuclease PH  28.83 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  27.66 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3425  ribonuclease PH  25.4 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0167  exosome complex exonuclease 1  27.89 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000393056  normal  0.0873038 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1106  ribonuclease PH  29.22 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4395  ribonuclease PH  28.38 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00847728  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0595  ribonuclease PH  24.78 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20050  RNAse PH  25.2 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3206  ribonuclease PH  26.72 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08370  RNAse PH  25.71 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3361  ribonuclease PH  26.21 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.32981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  26.53 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48173  predicted protein  25.45 
 
 		 764 aa  59.3  0.00000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.738632  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0188  ribonuclease PH  24.49 
 
 		 263 aa  58.5  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00190846  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0942  ribonuclease PH  26.02 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.485263  normal  0.641045 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1031  ribonuclease PH  25.51 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  28.63 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1177  ribonuclease PH  29.27 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.217753 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3622  ribonuclease PH  23.68 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0193731  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  26.21 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4160  ribonuclease PH  28.44 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4210  ribonuclease PH  25.62 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.295037  normal  0.959697 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0049  ribonuclease PH  28.44 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0523  ribonuclease PH  24.9 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0056  ribonuclease PH  28.44 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.187742  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1795  ribonuclease PH  26.11 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0594826  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  27.07 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  25.51 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  27.51 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3937  ribonuclease PH  24.5 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.510656  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  25.63 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  23.81 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  27.69 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  25.91 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  23.81 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>