More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0933 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0933  exosome complex exonuclease Rrp41  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1381  exosome complex exonuclease Rrp41  92.68 
 
 		 246 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0836  exosome complex exonuclease Rrp41  90.24 
 
 		 246 aa  462  1e-129  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.903735  normal  0.0904415 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1937  exosome complex exonuclease Rrp41  92.28 
 
 		 246 aa  429  1e-119  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1792  exosome complex exonuclease 1  61.34 
 
 		 245 aa  308  4e-83  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.315816  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0167  exosome complex exonuclease 1  60.17 
 
 		 242 aa  299  3e-80  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000393056  normal  0.0873038 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0077  exosome complex exonuclease Rrp41  57.14 
 
 		 245 aa  290  1e-77  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.206414  hitchhiker  0.00426445 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0432  exosome complex exonuclease 1  55.46 
 
 		 244 aa  277  9e-74  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0114185 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0581  exosome complex exonuclease 1  55.6 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0182  exosome complex exonuclease 1  52.16 
 
 		 245 aa  256  2e-67  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000282409  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1362  exosome complex exonuclease Rrp41  48.47 
 
 		 245 aa  230  1e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.442066  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2506  exosome complex exonuclease 1  47.44 
 
 		 501 aa  225  4e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.118322  normal  0.461906 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0199  exosome complex exonuclease Rrp41  47.18 
 
 		 343 aa  219  3e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000449737  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_23286  predicted protein  34.57 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_38006  predicted protein  30.37 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.33 
 
 		 705 aa  102  7e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  34.02 
 
 		 752 aa  101  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05300  conserved hypothetical protein  32.91 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.325732  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.6 
 
 		 703 aa  99.8  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  32.77 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.03 
 
 		 708 aa  98.6  9e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.03 
 
 		 708 aa  98.6  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.22 
 
 		 740 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.77 
 
 		 736 aa  98.2  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  33.61 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0392  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  34.04 
 
 		 693 aa  97.4  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  32.89 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  33.61 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  32.37 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  30.42 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1612  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.19 
 
 		 699 aa  95.9  5e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.322426  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  31.95 
 
 		 240 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  31.95 
 
 		 240 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0395  ribonuclease PH  33.05 
 
 		 270 aa  95.5  6e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  32.89 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  32.46 
 
 		 237 aa  95.5  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  32.37 
 
 		 240 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  31.95 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  32.37 
 
 		 240 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0488  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.8 
 
 		 732 aa  94.4  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09950  RNAse PH  37.63 
 
 		 288 aa  94.4  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.296895  normal  0.201234 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  32.23 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0942  ribonuclease PH  34.18 
 
 		 247 aa  93.6  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.485263  normal  0.641045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2313  ribonuclease PH  35.42 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000980644 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2589  ribonuclease PH  31.25 
 
 		 238 aa  93.2  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.704715  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  31.58 
 
 		 237 aa  92.4  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  31.65 
 
 		 735 aa  92.4  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0773  ribonuclease PH  33.91 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2536  ribonuclease PH  31.3 
 
 		 248 aa  92  7e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0273793  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  32.86 
 
 		 238 aa  91.7  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.93 
 
 		 735 aa  91.7  9e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1629  ribonuclease PH  31.95 
 
 		 243 aa  92  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230363  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1062  ribonuclease PH  33.47 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2365  ribonuclease PH  34.03 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  31.54 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0472  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.93 
 
 		 718 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0212673  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2745  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  34.31 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2581  ribonuclease PH  33.33 
 
 		 252 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0057942  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1269  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.51 
 
 		 719 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.124632  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1390  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.51 
 
 		 719 aa  90.9  2e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4210  ribonuclease PH  31.73 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.295037  normal  0.959697 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2240  ribonuclease PH  30.89 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000519616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2256  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000012272  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  30.17 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  31.38 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  28.93 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.33 
 
 		 761 aa  90.1  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1294  ribonuclease PH  31.62 
 
 		 260 aa  90.1  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  30.71 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0193  ribonuclease PH  31.14 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0523  ribonuclease PH  29.71 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4016  ribonuclease PH  32.6 
 
 		 238 aa  89.4  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.761364  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  35.26 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5013  ribonuclease PH  35.26 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4068  ribonuclease PH  35.26 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.010474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3978  ribonuclease PH  35.26 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.055913  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03500  ribonuclease PH  34.74 
 
 		 238 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0681369  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3852  ribonuclease PH  34.74 
 
 		 238 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0309904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03452  hypothetical protein  34.74 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0505808  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.48 
 
 		 777 aa  89  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0068  ribonuclease PH  34.74 
 
 		 238 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  0.000000182868 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  33.89 
 
 		 242 aa  89.4  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  33.89 
 
 		 242 aa  89.4  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.49 
 
 		 712 aa  89  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  31.67 
 
 		 237 aa  89  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.35 
 
 		 701 aa  89  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0165  ribonuclease PH  34.95 
 
 		 253 aa  89  7e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0447089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0434  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197772  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0401  ribonuclease PH  30.83 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  30.29 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  31.09 
 
 		 238 aa  88.6  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.36 
 
 		 716 aa  88.6  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2734  ribonuclease PH  35.42 
 
 		 279 aa  88.6  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0760609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  30.29 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  30.99 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0188  ribonuclease PH  29.71 
 
 		 263 aa  87.8  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00190846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>