More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1954 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1954  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  788    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00026733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  25.46 
 
 		 419 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  28.13 
 
 		 408 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3097  beta-lactamase  29.27 
 
 		 377 aa  112  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  28.39 
 
 		 453 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  25.69 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  27 
 
 		 574 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  27.27 
 
 		 417 aa  106  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  26.59 
 
 		 445 aa  106  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  26.77 
 
 		 438 aa  106  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  27.42 
 
 		 364 aa  106  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  26.03 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  24.82 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2615  hypothetical protein  28.3 
 
 		 793 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377093  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  28.05 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0624  beta-lactamase  27.22 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.540607  normal  0.110236 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  27.82 
 
 		 418 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  26.74 
 
 		 427 aa  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  27.85 
 
 		 414 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  25.9 
 
 		 452 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  26.79 
 
 		 440 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  24.44 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  26.33 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  25 
 
 		 422 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  25.38 
 
 		 447 aa  99  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1830  beta-lactamase  28.88 
 
 		 452 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.162579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  25.07 
 
 		 407 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0660  beta-lactamase  25.97 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.775643  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1874  beta-lactamase  25.4 
 
 		 379 aa  97.8  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  27.32 
 
 		 423 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2172  beta-lactamase  28.88 
 
 		 428 aa  97.8  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.65714  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  27.59 
 
 		 582 aa  97.1  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2956  esterase  27.03 
 
 		 384 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0198492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  26.47 
 
 		 438 aa  96.3  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  24.03 
 
 		 407 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  26.21 
 
 		 411 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  26 
 
 		 966 aa  95.9  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  25 
 
 		 411 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1713  beta-lactamase  27.4 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  26.77 
 
 		 566 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  27.39 
 
 		 420 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  27.39 
 
 		 420 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  27.23 
 
 		 409 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  27.48 
 
 		 440 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  27.6 
 
 		 407 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  26.02 
 
 		 420 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  25.31 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  24.7 
 
 		 424 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  25.52 
 
 		 409 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  24.64 
 
 		 424 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  25.58 
 
 		 401 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  28.14 
 
 		 400 aa  91.3  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  27.18 
 
 		 401 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  24.81 
 
 		 406 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  26.73 
 
 		 613 aa  89.7  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2604  beta-lactamase  31.29 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.928872  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  25.56 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  24.12 
 
 		 433 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  26.91 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  26.91 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2255  beta-lactamase  25.14 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.234898  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  23.66 
 
 		 424 aa  86.7  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  23.91 
 
 		 426 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1238  beta-lactamase  27.01 
 
 		 361 aa  86.7  6e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0242548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5183  beta-lactamase  24.82 
 
 		 427 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5272  beta-lactamase  24.82 
 
 		 427 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5564  beta-lactamase  24.82 
 
 		 427 aa  86.7  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  25.06 
 
 		 426 aa  86.3  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  25 
 
 		 454 aa  85.9  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2426  beta-lactamase  26.99 
 
 		 459 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00208801  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4084  esterase (beta-lactamase family)  35.75 
 
 		 410 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  25.25 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  27.79 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0402  beta-lactamase  27.25 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394756  normal  0.302831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  26.84 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  25.13 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  23.34 
 
 		 412 aa  85.1  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  24.37 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1790  beta-lactamase  26.67 
 
 		 483 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0797219 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  26.19 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2741  Beta-lactamase  24.28 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5757  beta-lactamase  23.8 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0954  Beta-lactamase  25.69 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1797  beta-lactamase  27.13 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0148599  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  27.13 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4539  hypothetical protein  30.11 
 
 		 796 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00469106 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4406  hypothetical protein  30.11 
 
 		 796 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1434  beta-lactamase  32.04 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.908777 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  26.6 
 
 		 401 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  25 
 
 		 407 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  26.81 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  24.94 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  25.71 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  24.81 
 
 		 430 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  25.25 
 
 		 430 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  25.97 
 
 		 468 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  25.26 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13809  lipase lipE  25.39 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0420294  normal  0.302132 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0714  beta-lactamase  25.12 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1998  beta-lactamase  31.84 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>