More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4084 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4084  esterase (beta-lactamase family)  100 
 
 
410 aa  826    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  40.39 
 
 
409 aa  262  8.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3476  beta-lactamase  40.58 
 
 
404 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  40.24 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  41.06 
 
 
393 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1252  beta-lactamase  41.12 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0579433 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1105  beta-lactamase  41.87 
 
 
389 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  36.67 
 
 
397 aa  239  9e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2613  beta-lactamase  40.29 
 
 
398 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  39.27 
 
 
391 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6825  beta-lactamase  41.15 
 
 
382 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2275  beta-lactamase  36.87 
 
 
383 aa  233  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0956783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  36.1 
 
 
397 aa  233  6e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  39.8 
 
 
398 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  39.8 
 
 
398 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  39.32 
 
 
396 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  36.21 
 
 
396 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2923  beta-lactamase  37.89 
 
 
394 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1860  putative esterase  37.75 
 
 
399 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0233  putative esterase  37.5 
 
 
399 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1365  putative esterase  37.5 
 
 
404 aa  215  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.99407  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0970  putative esterase  37.5 
 
 
399 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.216646  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0408  putative esterase  37.5 
 
 
399 aa  216  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1775  putative esterase  37.5 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.396449  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0329  beta-lactamase  37.5 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.021088  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5920  Beta-lactamase  38.55 
 
 
398 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1817  beta-lactamase  35.47 
 
 
397 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97636  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  39.17 
 
 
398 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3034  beta-lactamase  38.35 
 
 
413 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396527  normal  0.941046 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0884  putative esterase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23469  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2474  putative esterase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.506613  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0340  esterase, putative  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1043  beta-lactamase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0881  putative esterase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245483  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0087  putative esterase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.490998  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0639  putative esterase  38.74 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.74574  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1108  beta-lactamase  38.29 
 
 
396 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2661  beta-lactamase  36.46 
 
 
377 aa  206  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220174  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2956  esterase  33.01 
 
 
384 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0198492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2741  Beta-lactamase  33.33 
 
 
396 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0402  beta-lactamase  34.8 
 
 
392 aa  187  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394756  normal  0.302831 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  28.54 
 
 
418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  27.8 
 
 
424 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  23.89 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  29.43 
 
 
424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  28.85 
 
 
420 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  27.82 
 
 
422 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  28.74 
 
 
420 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  28.78 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  28.74 
 
 
420 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  28.29 
 
 
402 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  28.14 
 
 
420 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  30.19 
 
 
453 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  30.38 
 
 
405 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  25.61 
 
 
447 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  24.45 
 
 
419 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  28.43 
 
 
412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  30.38 
 
 
405 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  27.89 
 
 
370 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  29.36 
 
 
414 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  29.01 
 
 
401 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  26.19 
 
 
408 aa  116  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  27.44 
 
 
438 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  28.61 
 
 
414 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  28.47 
 
 
406 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  25.78 
 
 
426 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  29.47 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  28.4 
 
 
424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  25.87 
 
 
420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  30.07 
 
 
405 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  27.75 
 
 
399 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  27.27 
 
 
401 aa  109  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  28.18 
 
 
399 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  25.54 
 
 
452 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  25.3 
 
 
423 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  26.94 
 
 
417 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  24.29 
 
 
440 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  25.24 
 
 
430 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  28.54 
 
 
401 aa  106  7e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  26.12 
 
 
444 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  35.6 
 
 
418 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  25.48 
 
 
445 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  24.57 
 
 
426 aa  105  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  28.96 
 
 
401 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  28.96 
 
 
401 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  28.96 
 
 
401 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  25.06 
 
 
431 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  26.09 
 
 
407 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  27.9 
 
 
414 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  26.68 
 
 
438 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  24.58 
 
 
408 aa  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  26.48 
 
 
407 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  28.35 
 
 
468 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  28.1 
 
 
417 aa  99.8  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  26.11 
 
 
410 aa  99  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  24.57 
 
 
407 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  25.73 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  21.48 
 
 
427 aa  97.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  28.01 
 
 
613 aa  96.3  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2230  beta-lactamase  33.45 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>