More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0399 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  99.09 
 
 		 331 aa  675    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 331 aa  679    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 334 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 352 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 286 aa  99.4  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.09 
 
 		 311 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 295 aa  94  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.88 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  22.03 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  29.03 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0208  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.502619  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0189  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  26.75 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3621  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3971  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0785973  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  24.03 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>