More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2229 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 343 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 353 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 327 aa  87.4  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 309 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  25 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.64 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  27.45 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.16 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.33 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.8 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.8 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.03 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.39 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.39 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.39 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.39 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.03 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5628  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.39 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  39.04 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.74 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.8 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  29.08 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  39.04 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 297 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2877  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  29.36 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>