More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0676 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  653    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 320 aa  260  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  36.74 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 353 aa  93.2  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 352 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  24.55 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  26.94 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  26.94 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  26.94 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  26.94 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  26.94 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 309 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  26.41 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  25.97 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  28.49 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.59 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.27 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  23.85 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0830  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398395  normal  0.0341942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.53 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 315 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.88 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 301 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 289 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 294 aa  67  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  21.77 
 
 		 294 aa  67  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>