More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4699 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  613  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 331 aa  165  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 353 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 386 aa  93.6  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  22.44 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.65 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.21 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  28.49 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  28.49 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  28.49 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.49 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  28.49 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3165  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165989  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  26.33 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  25.32 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2451  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>