More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7793 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 343 aa  300  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 353 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 324 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 329 aa  163  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 327 aa  153  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  32.69 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 305 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.39 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  30.88 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.74 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.79 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 299 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 290 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  31.37 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  21.91 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>