More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1146 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  660    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 327 aa  362  5.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 324 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 352 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.82 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 305 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 286 aa  97.1  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 301 aa  92.8  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  29.21 
 
 		 311 aa  92.8  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.21 
 
 		 307 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 319 aa  89.4  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  29.21 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 386 aa  86.3  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 308 aa  85.9  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4564  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 276 aa  85.9  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.53731  normal  0.180488 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.68 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  28.27 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 294 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>